一种高通量的验证方法例如self-transcribing active regulatory region-sequencing(STARR-seq)能够对基因组范围内的CRMs进行大规模的评估。在STARR-seq中,基因组片段被打断并添加barcode,打断后的片段被克隆到报告基因的3’UTR区域,从而创建了一个报告基因库中衍生的RNA片段表明了
STARR-seq的一个主要限制是它在技术上具有挑战性,以适应人类基因组的巨大规模;它需要大规模的克隆并产生人类调控元件的浅层测序覆盖。此外,STARR-seq可检测可及和不可及的染色质。 因此,许多检测区域来自异染色质,并且不太可能在所讨论的细胞类型中具有转录活性。 为了缩小检测范围,最近的方法将STARR-seq与捕获可...
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。 截至目前为止,该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。 STARR-seq:该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers ###2 鉴定enhancers和epromoters的流程 enhance...
近日,厦门大学生命科学学院欧阳鑫昊团队在Plant Biotechnology Journal上在线发表了题为“Genome-Wide Prediction of Activating Regulatory Elements in Rice by Combining STARR-seq with FACS”的研究论文。该研究团队开发出一种流式细胞荧光分选技术(FACS)与STARR-seq联合使用的新方法,显著提升了水稻转录激活元件预测的准...
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STARR-seq:Self-transcribing active regulatory region sequencing STARR-seq是一种大规模平行报告分析法,用于直接根据转录增强子在整个基因组中的活性来识别转录增强子,并定量评估增强子活性。 STARR seq是如何工作的? 增强子是能与TF转录组因子结合、增强基因转录效率、不受方向和距离影响的DNA序列。
作者利用专门设计的引物解决了这一问题,并恢复了与PAS使用无关的自转录序列,并将这一改进技术称为iSTARR-seq,该技术适用于自转录self-transcripts (STs) 量化。 作者使用iSTARR-seq方法在拟南芥内源性基因组位点中发现了活性增强子和静止增强子。与传统的STARR-seq鉴定的增强子不同,iSTARR-seq鉴定的增强子在基因5′...
AK4493SEQ DAC | 双RT6863耳放芯片 | 3.5mm单端+4.4mm平衡接口 | 超变频黑科技 | 211mW@32Ω 输出功率 | 768kHz / 32bit,DSD512 | 100级物理音量 ...展开全文c 203 72 ñ56 8月19日 17:36 来自新版微博 weibo.com 已编辑 û收藏 转发 评论 ñ赞 c +关注 Starr...
技术实现思路 1、本申请实施例提供了一种基于starr-seq在植物体内筛选活性调控元件的方法,该方法在植物体内高通量筛选和检测调控元件活性,能够在不同外界环境条件下全面地收集与分析挖掘调控植物的基因表达待测调控元件数据,反映了真实的植物体内细胞环境,从而可以得到不同外界环境以及重要发育阶段和组织中调控元件的真实活...