最耗时的步骤已经是过去了,理论上这个时候star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件就可以完成融合基因的搜索啦。 但是STAR-Fusion流程就报错 我看了看这个运行日志,以及对应的报错信息: Running CMD: /home/data/fusion/miniconda3/envs/starFusion/lib/STAR-Fusion/util...
然后运行star-fusion流程需要需要下载配套数据库: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 nohup wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/__genome_libs_StarFv1.10/GRCh38_gencode_v37_CTAT_lib_Mar012021.plug-n-play.tar.gz 这个文件有点大, # 32G3月6202...
使用安装好的conda来 安装软件的代码如下所示: # trim,star 两个软件即可 conda create -n starFusion conda activate starFusion conda install -c bioconda trim-galore conda install -c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是: STAR --version 2.7.10a STAR-Fusion --version STAR-Fusion version...
最耗时的步骤已经是过去了,理论上这个时候star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件就可以完成融合基因的搜索啦。 但是STAR-Fusion流程就报错 我看了看这个运行日志,以及对应的报错信息: Running CMD: /home/data/fusion/miniconda3/envs/starFusion/lib/STAR-Fusion/util...