star-fusion.fusion_predictions.tsv star-fusion.fusion_predictions.abridged.tsv 后面我们可以用FusionInspector对融合事件进行检查,验证(使用--FusionInspector参数),也可以对融合进行测试(--examine_coding_effect)或者是使用Trinity (--denovo_reconstruct)重构融合转录本。 # 一键化命令 # 注意,此步骤比较耗时~5小时...
STAR-Fusion, a method that is both fast and accurate in identifying fusion transcripts from RNA-Seq data.(STAR-Fusion,一种从RNA-Seq数据中快速准确地识别融合转录本的方法。) STAR是目前主流的RNA-Seq比对软件之一,STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。 图2 STAR-Fusion分析流程概述(...
FusionInspector是STAR-Fusion高级分析的第一步，通过对融合基因的序列进行监督分析，拼接比对，进而协助分析人员发现可信度更高的融合转录本。FusionInspector分析首先会提取融合基因的基因组信息，构建新的候选融合基因组；然后将测序reads与候选融合基因组比对，识别融合断点处的覆盖情况。分析结果有很多，我们只需将以下文...
深入了解star-fusion结果 我们多次在生信技能树公众号介绍过star-fusion这个目前最好的针对RNA-seq测序数据找融合基因的软件:最好用的融合基因查找工具终于正式发表了,还有一个踩过的坑需要注意:[一个好像没有做任何改变的参数](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247491737&idx=2&sn=...
star-fusion流程需要调用star这个非常出名的转录组比对工具,然后是star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件。 其中star比对过程已经是超级简单了,但是perl脚本就比较麻烦,因为perl本身是上古语言,STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人,如下所示的代码架构: ...
star-fusion 原理 Title: The Principle of Star-Fusion Introduction: In recent years, the field of genomics has witnessed significant advancements in the identification of gene fusions, which play a crucial role in cancer diagnosis and treatment. One such method is star-fusion, a computational tool...
https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/wiki 在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较 1. 运行时间 从上图可以看出,STAR-fusion的运行时间有明显优势。 2. ROC曲线 ROC曲线用于评估软件分析结果的好坏,横坐标为false positive rate, 简称FPR,代表分析结果的假阳性率,纵坐标为true posi...
Starfusion是一种基因组学分析方法,用于检测和研究癌症中的基因融合事件。基因融合是指两个或多个基因的DNA序列发生重组,形成一个新的融合基因。这些基因融合事件在许多癌症类型中都起着重要作用,包括白血病、肺癌和乳腺癌。 第二步:介绍starfusion术语 接下来,让我们开始介绍与starfusion相关的一些术语。 1.基因融合(...
STAR-Fusion/STAR-FusionPublic NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork81 Star239 7Branches40Tags Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit Cannot retrieve latest commit at this time. ...
STAR Fusion release and CTAT Genome Lib Compatibility Matrix · STAR-Fusion/STAR-Fusion Wiki (github.com) 下载的时候有两个数据可以选择,一个是29g的已经进行配置好了,直接解压就可以使用的数据,一个是source版本的数据,推荐下载这个,因为小,好下载,我们可以自己配置数据库就可以了 ...