STAR-Fusion, a method that is both fast and accurate in identifying fusion transcripts from RNA-Seq data.(STAR-Fusion,一种从RNA-Seq数据中快速准确地识别融合转录本的方法。) STAR是目前主流的RNA-Seq比对软件之一,STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。 图2 STAR-Fusion分析流程概述(...
star-fusion流程需要调用star这个非常出名的转录组比对工具,然后是star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件。 其中star比对过程已经是超级简单了,但是perl脚本就比较麻烦,因为perl本身是上古语言,STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人,如下所示的代码架构: $ head...
star-fusion.fusion_predictions.tsv star-fusion.fusion_predictions.abridged.tsv 后面我们可以用FusionInspector对融合事件进行检查,验证(使用--FusionInspector参数),也可以对融合进行测试(--examine_coding_effect)或者是使用Trinity (--denovo_reconstruct)重构融合转录本。 # 一键化命令 # 注意,此步骤比较耗时~5小时...
STAR是目前主流的RNA-seq比对软件之一,而STAR-fusion就是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件,该项目的地址如下 https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/wiki 在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较 1. 运行时间 从上图可以看出,STAR-fusion的运行时间有明显优势。 2. ROC曲线...
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它虽然说是star-fusion御用小工具,但不限于star-fusion的融合事件的检查,可以是其它一系列软件出来的融合基因结果,包括:Prada,FusionCatcher,SoapFuse,TophatFusion,DISCASM/GMAP-Fusion,STAR-Fusion, or other), 的检查。因为它的输入数据要求很简单,就是两个基因的融合关系,如下: ...
STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。 配置流程 1.配置编译环境 1)安装相关依赖。 yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS-y 2)安装STAR-2.7.0f。 请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html安装。
可以看到这两个基因都有点长, 我们的NGS测序也就100bp罢了,它们两个基因都是几十个Kb长度。所以这样是无法浏览融合事件的,需要采用高级工具,比如FusionInspector 然后使用FusionInspector仔细检查 它虽然说是star-fusion御用小工具,但不限于star-fusion的融合事件的检查,可以是其它一系列软件出来的融合基因结果,包括:Pra...
--output_dir star_fusion_outdir If you have single-end FASTQ files, just use the --left_fq parameter: STAR-Fusion --genome_lib_dir /path/to/your/CTAT_resource_lib \ --left_fq reads_1.fq \ --output_dir star_fusion_outdir
STAR Fusion release and CTAT Genome Lib Compatibility Matrix · STAR-Fusion/STAR-Fusion Wiki (github.com) 下载的时候有两个数据可以选择,一个是29g的已经进行配置好了,直接解压就可以使用的数据,一个是source版本的数据,推荐下载这个,因为小,好下载,我们可以自己配置数据库就可以了 ...