FusionInspector是STAR-Fusion高级分析的第一步，通过对融合基因的序列进行监督分析，拼接比对，进而协助分析人员发现可信度更高的融合转录本。FusionInspector分析首先会提取融合基因的基因组信息，构建新的候选融合基因组；然后将测序reads与候选融合基因组比对，识别融合断点处的覆盖情况。分析结果有很多，我们只需将以下文...
StarFusion 方法流程图 在偏最小二乘回归模型 (PLSR) 部分，该研究基于尺度不变假设 (Scale invariant)，建立了具有更高自由度的多变量回归关系模型，进而更准确地预测时间变化。考虑到 Sentinel-2 相对于 Gaofen-1 图像的空间分辨率较低，该研究还设计了一种梯度图 SRGAN 模型 (Grad-SRGAN) 来处理粗糙图像到精细...
STAR-Fusion的输出是一个以制表符分隔的文件(star-fusion.fusion_predictions.tsv)和一个不包括证据融合reads识别的删减版本(star-fusion.fusion_predictions.abridged.tsv)。格式如下: #FusionName JunctionReadCount SpanningFragCount SpliceType LeftGene LeftBreakpoint RightGene RightBreakpoint LargeAnchorSupport FFPM...
Starfusion是一种基因组学分析方法,用于检测和研究癌症中的基因融合事件。基因融合是指两个或多个基因的DNA序列发生重组,形成一个新的融合基因。这些基因融合事件在许多癌症类型中都起着重要作用,包括白血病、肺癌和乳腺癌。 第二步:介绍starfusion术语 接下来,让我们开始介绍与starfusion相关的一些术语。 1.基因融合(...
--fusion_annot_lib fusion_lib.*.dat.gz \ --annot_filter_rule AnnotFilterRule.pm \ --pfam_db current \ --dfam_db human \ --human_gencode_filter 接下来我们可以直接开始融合分析: # 开始分析,--left_fq --right_fq 输入双端的cleandata;单端测序,只需要--left_fq参数即可 ...
实验I:StarFusion 相较其他算法的空间细节保真度最佳 为了评估 StarFusion 的有效性,该研究基于 3 个子区域在 2 个不同日期拍摄的 Gaofen-1 和 Sentinel-2 图像,围绕预测图像生成的准确性和空间细节等因素,将 StarFusion 与其他代表性算法 (STARFM、FSDAF、Fit-FC、FIRST 和 SRGAN) 进行了比较。
--fusion_annot_lib fusion_lib.*.dat.gz \ --annot_filter_rule AnnotFilterRule.pm \ --pfam_db current \ --dfam_db human \ --human_gencode_filter 接下来我们可以直接开始融合分析: # 开始分析,--left_fq --right_fq 输入双端的cleandata;单端测序,只需要--left_fq参数即可 ...
star-fusion流程需要调用star这个非常出名的转录组比对工具,然后是star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction文件。 其中star比对过程已经是超级简单了,但是perl脚本就比较麻烦,因为perl本身是上古语言,STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人,如下所示的代码架构: ...
它虽然说是star-fusion御用小工具,但不限于star-fusion的融合事件的检查,可以是其它一系列软件出来的融合基因结果,包括:Prada,FusionCatcher,SoapFuse,TophatFusion,DISCASM/GMAP-Fusion,STAR-Fusion, or other), 的检查。因为它的输入数据要求很简单,就是两个基因的融合关系,如下: ...
star-fusion 原理 Title: The Principle of Star-Fusion Introduction: In recent years, the field of genomics has witnessed significant advancements in the identification of gene fusions, which play a crucial role in cancer diagnosis and treatment. One such method is star-fusion, a computational tool...