使用STAR-fusion进行融合基因的分析 欢迎关注”生信修炼手册”! STAR是目前主流的RNA-seq比对软件之一,而STAR-fusion就是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件,该项目的地址如下 https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/wiki 在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较 1. 运行时间 从...
因为需要使用 star 这个比对工具对 fastq 比对成 bam,所以那部 分请自行学习,这里我们已经得到了 bam 文件啦。 数据库文件的下载 可 以 先 去 https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTATRESOURCELIB/ 查看 对应的参考基因组版本: 1. mkdir -p ~/biosoft/starFusion/db 2. cd ~/biosoft/starFusion/db ...
所以这样是无法浏览融合事件的,需要采用高级工具,比如FusionInspector 然后使用FusionInspector仔细检查 它虽然说是star-fusion御用小工具,但不限于star-fusion的融合事件的检查,可以是其它一系列软件出来的融合基因结果,包括:Prada, FusionCatcher, SoapFuse, TophatFusion, DISCASM/GMAP-Fusion, STAR-Fusion, or other),...
为了协调 Gaofen-1 和 Sentinel-2 的光谱特性,该研究使用了线性回归模型,将 Sentinel 数据的每个波段作为因变量,相应的 Gaofen-1 数据波段作为自变量,构建了单变量回归模型,然后将构建模型的斜率和截距应用于每个波段 Gaofen-1 图像的每个像素。这个拟合过程确保了转换后的 Gaofen-1 图像能够密切反映 Sentinel-2 的...
与此类似,到目前为止,使用Wi-Fi技术进行一次室内定位还需要数秒之久,其精度也相对较低,而位置偏差度(抖动)却较高。通过结合实时Wi-Fi和卫星定位信息、行人位置推算(使用MEMS传感器)、人群源定位以及从云服务器获得的辅助数据,SiRFusion技术能够实现更加快速和准确的室内定位,使持续室内导航成为日常生活的一部分。”...
开源TypeScript AI SDK | ModelFusion是 Vercel 支持并整合进其 AI SDK 的一款 TypeScript 开源库,提供了一个抽象层,简化了在 JavaScript 和 TypeScript 应用程序中集成各种 AI 模型的过程。 统一了文本流、对象生成和工具使用等常见操作的 API,提供了支持生产环境的特性,包括可观测性hooks、日志记录和自动重试。
使用STAR-fusion进行融合基因的分析 欢迎关注”生信修炼手册”! STAR是目前主流的RNA-seq比对软件之一,而STAR-fusion就是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件,该项目的地址如下 https:///STAR-Fusion/STAR-Fusion/wiki 在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较...
从上图可以看出,STAR-fusion的运行时间有明显优势。 2. ROC曲线 ROC曲线用于评估软件分析结果的好坏,横坐标为false positive rate, 简称FPR,代表分析结果的假阳性率,纵坐标为true positive rate, 又称之为敏感度sensitivity。对于一个理想的分析结果而言,肯定是假阳性率越低越好,敏感度越高越好。
数据集:立足山东两县,集成使用 Gaofen-1 和 Sentinel-2 卫星数据 该研究设计了全面的评估实验,使用了来自 Gaofen-1 和 Sentinel-2 卫星的数据集,每个数据集都覆盖了相同的地理区域。 该研究选择在山东省的费县和郓城县进行,研究区域面积约为 2,567 平方公里,具有多种土地覆盖类型。为确保景观多样性,该研究确定...