但是我git下载了它源代码,发现其压缩包里面的STAR-Fusion命令本来就是可以直接使用的,无需conda来管理了。可以看到, 其实1.9的star-fusion的这个STAR-Fusion.map_chimeric_reads_to_genes 脚本内容跟前面conda自己配置的1.6版本内容不一样: 531 /home/data/fusion/STAR-Fusion-master/util/STAR-Fusion.map_chimeric_...
source~/.bashrc 使用安装好的conda来 安装软件的代码如下所示: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 # trim,star 两个软件即可 conda create-n starFusion conda activate starFusion conda install-c bioconda trim-galore conda install-c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本...
conda install -c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是: STAR --version 2.7.10a STAR-Fusion --version STAR-Fusion version: 1.6.0 perl --version This is perl 5, version 26, subversion 2 (v5.26.2) builtforx86_64-linux-thread-multi 然后运行star-fusion流程需要需要下载配套数据库: ...
conda config --add channels conda-forge 然后 conda install -c bioconda gmap-fusion 就OK啦 STAR 和 STAR-Fusion 很多时候版本不兼容 conda install STAR -c bioconda #自动安装最新的2.7版本,就会报错 需要安装更早的版本 conda install STAR=2.6.1d -c bioconda#成功 版本错误原因参考:https://github.com...
现在用来找融合基因的软件,最好用的应该就是star-fusion了。 因为安装复杂所以一切都conda解决 star-fusion对star的版本要求严格。 我在conda安装的,star对应的版本是2.7.6a 不过安装后经常会报错Can't locate strict.pm:、/root/perl5/lib/perl5/strict.pm: Permission denied at... ...之类的错误。具体的原...
1. conda install -c bioconda star-fusion 因为需要使用 star 这个比对工具对 fastq 比对成 bam,所以那部 分请自行学习,这里我们已经得到了 bam 文件啦。 数据库文件的下载 可 以 先 去 https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTATRESOURCELIB/ 查看 对应的参考基因组版本: 1. mkdir -p ~/biosoft/star...
conda install -c bioconda fusion-inspector bin_star='~/biosoft/STAR-2.7.3a/bin/Linux_x86_64/STAR'lib='~/biosoft/starFusion/db/GRCh38_gencode_v31_CTAT_lib_Oct012019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir/'FusionInspector --fusions SRR2016940_fusionList.txt \ ...
第3阶段:元字符,通配符及shell中的各种扩展,从此linux操作不在神秘! 第4阶段:高级目录管理:软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量 第5阶段:任务提交及批处理,脚本编写解放你的双手 第6阶段:软件安装及conda管理,让linux系统实用性放飞自我
I noticed a small issue when running the FusionInspector pipeline, where at the very end, it would fail with an error from create_fusion_report.py, line 7, that the igv_report module could not be found. I have already installed this module with conda and used it with the CTAT workflow...
conda install -c bioconda starseqr First make sure the dependencies are installed and generate a STAR index for your reference. RNA Index STAR --runMode genomeGenerate --genomeFastaFiles hg19.fa --genomeDir STAR_SEQR_hg19gencodeV24lift37_S1_RNA --sjdbGTFfile gencodeV24lift37.gtf --runThrea...