STAR-fusion支持两种模式,第一种是直接从fastq开始,第二种是自己手动进行STAR比对,然后在运行STAR-fusion。第一种模式的用法如下 双端测序 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 STAR-Fusion \--genome_lib_dir CTAT_resource_lib \--left_fq reads_1.fq \--right_fq reads_2.fq \--output...
Haas 和冷泉港实验室 (CSHL)的 Alex Dobin 等人开发的工具 STAR-Fusion,其工作原理 分为三步: • ①先将 reads 通过 STAR 比对到参考基因组,筛选出 split 和 discordant reads 作为候选的融合基因序列; • ②将候选融合基因序列与参考基因序列进行比对,根据 overlaps 预测出融合基因; • ③对预测结果做...
开源TypeScript AI SDK | ModelFusion是 Vercel 支持并整合进其 AI SDK 的一款 TypeScript 开源库,提供了一个抽象层,简化了在 JavaScript 和 TypeScript 应用程序中集成各种 AI 模型的过程。 统一了文本流、对象生成和工具使用等常见操作的 API,提供了支持生产环境的特性,包括可观测性hooks、日志记录和自动重试。
这个perl脚本是集成在star-fusion的安装目录在的,pfam_db和anno_filter_rule可以从上图中的source压缩包中得到,而fusion_annot_lib是融合基因的注释信息,对于人和小鼠,上图中提供了对应的注释文件,如果没有,也可以不提供。 默认会在当前目录...
在对应的文献中,将STAR-fusion与其他融合基因分析软件进行了比较 1. 运行时间 从上图可以看出,STAR-fusion的运行时间有明显优势。 2. ROC曲线 ROC曲线用于评估软件分析结果的好坏,横坐标为false positive rate, 简称FPR,代表分析结果的假阳性率,纵坐标为true positive rate, 又称之为敏感度sensitivity。对于一个理想...