use strict;use warnings;use Carp;use Cwd;use FindBin;uselib("$FindBin::Bin/PerlLib");use Pipeliner;use File::Basename; 这个时候,使用conda来管理是一个比较简单的解决方案,安装自己的conda,每个用户独立操作,安装方法代码如下: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 首先下载文件,20M/...
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 安装成功后需要更新系统环境变量文件 source ~/.bashrc 使用安装好的conda来 安装软件的代码如下所示: # trim,star 两个软件即可 conda create -n starFusionconda activatestarFusion conda install -c bioconda trim-galore conda install -c bioconda star-fusion 可以...
可以通过以下命令安装这些依赖项: # 安装STARconda install-cbioconda star# 安装samtoolsconda install-cbioconda samtools# 安装blastconda install-cbioconda blast# 安装perlconda install-cbioconda perl# 安装Rconda install-cr r AI代码助手复制代码 2.2 下载STAR-fusion 可以从GitHub上下载STAR-fusion的最新版本: ...
使用安装好的conda来 安装软件的代码如下所示: # trim,star 两个软件即可 conda create -n starFusion conda activate starFusion conda install -c bioconda trim-galore conda install -c bioconda star-fusion 可以看到目前两个软件版本是: STAR --version 2.7.10a STAR-Fusion --version STAR-Fusion version...
3)安装SAMtools。 请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpc/samtools_01_0001.html安装。 2.获取源码 获取“STAR-Fusion-v1.6.0”源码包。 cd/usr/local/src wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz ...
现在用来找融合基因的软件,最好用的应该就是star-fusion了。 因为安装复杂所以一切都conda解决 star-fusion对star的版本要求严格。 我在conda安装的,star对应的版本是2.7.6a 不过安装后经常会报错Can't locate strict.pm:、/root/perl5/lib/perl5/strict.pm: Permission denied at... ...之类的错误。具体的原...
安装 提示STAR 找不到,在perl 中直接修改路径 注意:star-fusion 的版本和star 版本要匹配,最初的时候由于start 版本过高,无法运行 下载数据库 genome resouce lib: https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/ 图片.png 运行命令:
由于STAR-Fusion由大量的perl脚本工具,需要安装如下必要的perl包 perl -MCPAN -e shell install DB_File install URI::Escape install Set::IntervalTree install Carp::Assert install JSON::XS install PerlIO::gzip 下载数据库(https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/): ...