3.1转录组SSR位点数量与分布 利用Trinity拼接从GA3处理下的南方红豆杉转录组中共获得202 361条Unigene,通过鉴定,共获得了12 008个SSR位点,出现频率(SSR数与总Unigene数之比)为5.93%,这些SSR分布在10 894条Unigene中,发生频率(含SSR的Unigene数与总Unigene数之比...
因此,研究人员转向专注于开发一种合理设计 DNA 附着位点序列以调节 SSR 反应速率的方法。 “可为患者提供个性化治疗” 研究人员首先对 DNA 文库进行了设计,具体做法如下:首先确定了 Bxb1 的 attP 和 attB DNA 附着位点中的核苷酸位置,值得注意的是,Bxb1 的 attP 和 attB 位点具有不相同的序列,两者都有两个准半...
利用Perl语言环境下的MISA软件(http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/)搜索苦荞8条染色体序列基因组的SSR位点,设置SSR检索标准:检索重复单元为2、3、4、5、6 bp,重复长度≥12 bp;二核苷酸最小重复次数≥6次(总长度不少于12个碱基),三至六核苷酸最小重复次...
(4)SSR是DNA中的简单重复序列,不同品系小麦同一位点SSR重复次数不同,但可被相同的引物扩增,常被用于基因定位。①A品系与B品系5号染色体上的SSR位点分别用SSR 和21.(12分)小麦是全球广泛种植的农作物之一。 随着土壤盐渍化越SSRB表示。 对(3)中双亲5号染色体的SSR序列扩增后,进行电来越严重,普通小麦产量下降。
为开发新的SSR标记,寻求快速鉴别金钗石斛的方法,该文通过生物信息学手段对金钗石斛转录组序列进行SSR位点搜索、分析,并设计出SSR特异性引物。结果显示,从金钗石斛转录组中搜索到32 709个SSR,分布与26 742条unigenes中,SSR位点发生频率为1290%,平均每3 748 bp含1个SSR位点。其中,单核苷酸是最主要重复类型,占SSR...
国家大豆区域试验品种(系) SSR位点纯合度分析
摘要 目的:基于赤芝全基因组序列开发SSR标记,研究其种质资源遗传多样性,为赤芝种质资源品种鉴定和分子育种提供理论基础。方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,...
内容提示: 组 普通烟草及其祖先种基因组 SSR 位点信息分析 童治军,焦芳婵,肖炳光 云南省烟草农业科学研究院,烟草行业烟草生物技术育种重点实验室,国家烟草基因工程研究中心,昆明 650021 摘要:【目的】通过对普通烟草(Nicotiana tabacum L.; 2n=24Ⅱ=48 TTSS)及其两个祖先种-绒毛状烟草(Nicotiana tomentosoformis L...
绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析