方法:利用60对SSR引物,对26份不同来源的赤芝菌株进行扩增以筛选出具有多态性的位点;采用毛细管电泳对其进行基因分型,并分析菌株间的遗传多样性。结果:60对引物中,筛选出24个有多态性条带的SSR位点。共扩增出269个多态性条带,平均每个SS...
SSRMMD (SimpleSequenceRepeatMolecularMarkerDeveloper) 是用Perl语言编写的软件,可以从组装序列(FASTA格式,例如:基因组或转录组)中检测完美的SSR位点和候选的多态性SSR。该软件还包含了一个名为connectorToPrimer3的程序,此程序提供了SSRMMD到Primer3的接口,使得可以轻松地进行批量SSR引物设计。 相关论文链接:https://w...
为解决上述技术问题,本发明特采用如下技术方案:一种用于亲权鉴定的ssr位点的筛选方法,包括:(s1)筛选出待筛选ssr位点的物种的全基因组序列所有潜在的ssr位点,再筛选出位于基因区间内的ssr位点,再过滤掉单核苷酸重复类型的ssr位点;然后筛选出具有多态性的ssr位点;(s2)然后过滤掉满足如下条件的ssr位点,得到候选ssr位点:...
1.一种主效QTL位点的SSR分子标记,其特征在于:所述SSR分子标记为P1_VvMETK5,且SSR分子标记的引物对的正向引物序列为:5’-GGATCTGGTTGTTGTCAGCA-3’,反向引物序列为:3’-CGAAGTATCACTCCAGAAACG-5’。 2.一种主效QTL位点的SSR分子标记的筛选方法,其特征在于,包括以下步骤: S1.根据已统计的无核分子标记的序列...