2.2 粗叶榕叶片转录组中SSR位点分析 利用MISA软件进行分析,在粗叶榕的34 375条转录组unigene序列数据中,12 094条unigene上含有16 851个SSR位点,含SSR位点的unigene数占unigene总数的35.18%,而SSR位点的数量则占unigene总数的49.02%,平均每2638 bp有1个SSR位点。此外,还发现有4756个unigene包含至少
利用Trinity拼接从GA3处理下的南方红豆杉转录组中共获得202 361条Unigene,通过鉴定,共获得了12 008个SSR位点,出现频率(SSR数与总Unigene数之比)为5.93%,这些SSR分布在10 894条Unigene中,发生频率(含SSR的Unigene数与总Unigene数之比)为5.38%,SSR平均分布距离为...
国家大豆区域试验品种(系) SSR位点纯合度分析
【结果】在绒毛状烟草基因组,林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得 218 081,263 478 和 397 432 个 SSR 总位点,其间的平均距离分别为 7.52,7.78 和 9.06 kb.绝大部分的 SSR 位点分布在内含子和 UTR(尤其 是 5′-UTR)区域;以 2 核苷酸和 3 核苷酸类型为主,占基因组内 SSR 位点总数目的 2/3 以上...
2.1 苦荞基因组SSR位点特征分析 2.1.1 SSR出现的频率 苦荞8条染色体序列总长度约为451.34 Mb,共检出51 485个SSR,SSR位点平均发生率(检出的SSR个数与染色体总长度的比值)为114.07 Mb-1;苦荞基因组SSR种类较为丰富,二至六核苷酸重复类型均有,但各类型出现的频...
使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点。可搜索单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,最小重复数分别设置为10、6、5、5、5、5次。采用Primer 3(2.3.5版,默认参数)进行SSR引物设计。 基于转录组数据开发的一批SSR引物中,选择重复单元碱基数2～3 bp,重复单元7～10次的...
南方红豆杉 ; 转录组 ; SSR ; 东北红豆杉 ; 曼地亚红豆杉 [摘要] 目的 基于赤霉素(gibberellin A3,GA3)处理下的南方红豆杉Taxus chinensis var. mairei转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法 使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点。可...
果实转录组中的SSR位点信息进行分析,以期为槟榔SSR标记开发提供依据.利用MISA工具对槟榔转录组测序获得的Unigene序列进行SSR检索,位点信息分析和SSR引物设计.从94 562条Unigene中共检索到51 245个SSR位点,分布在31 482条Unigene序列中,平均分布距离为1/2.12 kb,发生频率为54.19%.单核苷酸是主要重复类型,所占比例为30.14...
绒毛状烟草基因组中SSR位点的信息分析
基因组SSR位点分析 李绪英1’2,肖炳光弘,高玉龙2,姬广海1 (1云南农业大学,昆明650201;2云南省烟草农业科学研究院,云南玉溪653100) 摘要:利用生物信息学方法对烟草叶绿体和线粒体基因组数据中的SSR信息进行了分析。结果表明,在叶绿体 和线粒体基因组中分别获得186和578个SSR位点,SSR间的平均距离分别为838 ...