利用MISA软件进行分析,在粗叶榕的34 375条转录组unigene序列数据中,12 094条unigene上含有16 851个SSR位点,含SSR位点的unigene数占unigene总数的35.18%,而SSR位点的数量则占unigene总数的49.02%,平均每2638 bp有1个SSR位点。此外,还发现有4756个unigene包含至少1个以上的SSR位点。 2.3 粗叶榕
利用Trinity拼接从GA3处理下的南方红豆杉转录组中共获得202 361条Unigene,通过鉴定,共获得了12 008个SSR位点,出现频率(SSR数与总Unigene数之比)为5.93%,这些SSR分布在10 894条Unigene中,发生频率(含SSR的Unigene数与总Unigene数之比)为5.38%,SSR平均分布距离为...
南方红豆杉 ; 转录组 ; SSR ; 东北红豆杉 ; 曼地亚红豆杉 [摘要] 目的 基于赤霉素(gibberellin A3,GA3)处理下的南方红豆杉Taxus chinensis var. mairei转录组数据鉴定和分析SSR位点,开发可用于南方红豆杉种质资源鉴定和遗传多样性分析的SSR标记。方法 使用MISA软件对南方红豆杉转录组数据进行SSR分析,搜索SSR位点。可...
55 No. 19 ·6713· 黄连转录组 SSR 位点信息分析及分子标记开发 • 药材与资源 • 崔亚杰 1,史荷凤 1,聂广楼 2,廖海迪 3,李学刚 1*,庞 1. 西南大学药学院,重庆 400715 2. 石柱县农业委员会,重庆 409100 3. 重庆旺隆黄连科技有限公司,重庆 409100 蕾 1* 摘要:目的 探究黄连 Coptis chinensis ...
3种烟草基因组SSR位点信息分析和标记开发 万方数据
丹参基因组SSR位点的特征分析及引物开发
丹霞梧桐EST--SSR标记位点开发及其群体遗传结构分析 下载积分: 2000 内容提示: JIIIIIIII MIIlll MIIIll IllIII IIJY3430380分类号:学校代号: 10538圈密 级:硕士学术学位论文作者姓名:导师姓名:培养学院:学科名称:研究方向:提交日期:陈璐文亚峰教授风景园林学院园林植物与观赏园艺群体遗传学2 01 8年6月万方数据 ...
【目的】鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础。【方法】根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer 3设计基因关联的SSR引...
SSRHunter,一个本地化的SSR位点搜索软件的开发 李强,万建民 (南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏省植物基因工程中心,南京210095) 摘要:基因组研究的发展,使得利用生物信息学方法在一个相对狭小的基因组区段内开发新的SSR标记成为可 能。要实现这一点,首先面临的任务就是潜在的SSR位点的搜索。已有的...
个基因组SSR序列位点,并分析了其分布特征。以 此为基础,开发了1079对基因组SSR引物,为丹 参分子标记辅助育种工作提供基础。 一、材料和方法 1.丹参基因组SSR的筛选及 统计分析 以丹参基因组序列框架图为 序列基础,应用MISA工具 元 搜索 其中的SSR位点,搜索参数为:二 核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五 核苷酸和六...