conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ ...
fastq-dump --split-spot XXXX.sra 单端测序 fastq-dump XXXX.sra 需要进行trinity de novo组装的转录组数据,否则后续在组装阶段会报错 fastq-dump --defline-seq '@ rn]/$ri' --split-files SRR5061852.sra Debughistory:20231017,the prefetchisoutof date,update it to3.0.7by reinstall sra-tools 参考:...
fastq-dump --split-3 ./SRR28167453.sra # 处理所有SRA格式文件 fastq-dump --split-3 ./*.sra (2) 基于Windows系统 ① 下载程序安装包 访问SRA Toolkit的Github主页(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit#ncbi-sra-toolkit),下载适配Windows系统的程序版本安装包sratoolkit....
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
fastq-dump从SRA文件中提取fastq文件 fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information...
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
fastq-dump fastq-dump ${line} --split-3--skip-technical --gzip 最基础的SRA处理的软件,包含在SRA-tools工具包内,缺点很明显,效率非常低,几乎没有什么优点,即使几百个sra文件一起拆包也会因为压缩太慢令人抓狂,拆一些小文件尚可,大文件如果你还想毕业就算了吧。
下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器, 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 ...
下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器, 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 ...
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。