conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ ...
fastq-dump --split-3 ./SRR28167453.sra # 处理所有SRA格式文件 fastq-dump --split-3 ./*.sra (2) 基于Windows系统 ① 下载程序安装包 访问SRA Toolkit的Github主页(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit#ncbi-sra-toolkit),下载适配Windows系统的程序版本安装包sratoolkit....
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
首先，介绍parallel-fastq-dump的基本信息。其使用依赖于fastq-dump，需预先安装sra-tools。在测试处理450MB的单端测序SRA文件时，执行：fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X...
下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器, 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 ...
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tools/ https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki 常用工具 prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 ...
下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器, 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 ...
-O指定输出路径，-A指定输入路径，--split-3默认拆分选项 .\fastq-dump.exe --gzip --split-3 -...
samdumpopt = SRASAMDumpOptions with properties: Default properties: ExtraCommand: "" FastaOutput: 0 FastqOutput: 0 GZip: 0 HideIdentical: 0 IncludeAll: 0 MinMapQuality: 0 OutputPrimary: 0 OutputUnaligned: 0 Version: "3.0.6" Modified properties: OutputFileName: "SRR11846824.sam.bz2" BZip2:...