/home/hadoop/.aspera/connect/bin/ascp /home/hadoop/.aspera/connect/bin/ascp -i /home/hadoop/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -pQTk1 -l 1000m dbtest@sra-download.ncbi.nlm.nih.gov:data/sracloud/srapub/DRR047083 /home/hadoop/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra/DRR047083.s...
#将fastq格式的Reads文件下载到./data目录,但是Read 1与Read2并排存储在fastq文件中,对后续分析造成不便。 fastq-dump –split-files -O ./data SRR492257 #将Reads 1和Reads 2两个文件均下载到./data目录 参考资料: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books...
使用fastq-dump下载SRA数据 使用fastq-dump下载SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载:fastq-dump -Z DRR047093 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数fastq-dump -X 5 -Z DRR047093文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ lltot ...
1.安装sra-tools: conda install sra-tools=3.0.7 -y 2. 下载Accession List 进入NCBI SRA搜索页,使用Bioproject ID 搜索,然后点击Biosample,将列出来的所有Biosample都选中,在右上脚有个Send,选择File, Format选择 Accession List,然后将保存的text移到你需要下载文件的目录下 # 3. 使用Prefetch进行快速下载 ...
fastq-dump是常用用来下载NCBI原始测序SRA数据的工具,但是它的参数也是比较杂乱,我根据查到的数据说下我的体会 --outdir <File_name> # 输出文件夹名 --gzip # 使用gzip压缩结果 (目的是减少占用硬盘大小) --skip-technical # 只输出biological reads,不然会technical reads输出,而technical reads不是我们想要的 ...
下载方法选的是aws-http 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令...
一个SRA格式的转录组数据大概在3G左右,使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件;但如果使用BWA比对,则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持多线程拆分,相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。 1. github下载 git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcdpfastq-dump/ ...
sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载相应的软件。 或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。
Written51332776spotsforSRR3156163.sra real4m52.519suser 4m35.183s sys 0m19.418s [b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用fasterq-dump,记录时间spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real1m53.699s ## faster-dump速度更快...
我建议尽量去EMBL-EBI去下载原始数据,而不是这种神奇的sra格式,尽管有一些下载的数据其实就是从SRA解压而来。 不过要用fastq-dump,那就介绍几个比较重要的参数吧。我会按照不懂也加,不懂别加,有点意思,没啥意义这三个级别来阐述不同参数的重要级.