如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。 或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。 然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR03458...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载相应的软件。 或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。 然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034...
一个SRA格式的转录组数据大概在3G左右，使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件；但如果使用BWA比对，...
使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题,从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher,github的链接是https://github.com/wwoo...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 一. 拆解一个sra文件 SRR6232298.sr...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 ...
将下载的SRA文件转换成fastq或者fasta文件 1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和...
双端合并了或者cat到一起了 要是合并了，可以左边切1/2多，右边留1/2多，认为的留点重叠区 ...
Windows自带的画图软件就可以打开TIF格式的文件。你先用画图打开这个文件，然后在菜单“文件”里用“另存为”命令，把保存类型选择为需要的格式即可。 画图在开始菜单--所有程序--附件里。