parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。 或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。 然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR03458...
如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载相应的软件。 或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。 然后使用如下命令行: sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download下载方法选的是 aws-http默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是 fasterq-d…
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 一. 拆解一个sra文件 SRR6232298.sr...
将下载的SRA文件转换成fastq或者fasta文件 1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 ...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
Windows自带的画图软件就可以打开TIF格式的文件。你先用画图打开这个文件，然后在菜单“文件”里用“另存为”命令，把保存类型选择为需要的格式即可。 画图在开始菜单--所有程序--附件里。