GitHub - ncbi/sra-tools: SRA Toolsgithub.com/ncbi/sra-tools 1.1 安装 尝试用conda安装: conda install -y sra-tools 但是我没有安装成功,安装完后不能使用(ubuntu 22.04系统)。 调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2...
fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,--split-files选项用于将双端测序数据拆分为两个文件(如果适用),--gzip选项用于输出gzip压缩的文件。
对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。 # SRA数据下载,提前安装好prefetchnohup prefetch SRR3498212&/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t8-O ./ ./SRR3498212.sra# 结果文件:SRR3498212.fastq 3. 双端数据拆分 # 输出.gz fastq压缩文件/pfastq-dump/bin/pfastq-dump\--threads8--outdir ./ ./SRR349XXXX...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。
time(fastq-dump-O./--split-3--gzipSRR3414630.sra) ② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 (非--gzip模式) 用时:1m21s ...
Written51332776spotsforSRR3156163.sra real4m52.519suser 4m35.183s sys 0m19.418s [b20223040323@admin1 test02]$ time fasterq-dump --split-3SRR3156164.sra## 使用fasterq-dump,记录时间spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real1m53.699s ## faster-dump速度更快...
使用fastq-dump下载SRA数据 使用fastq-dump下载SRA数据环境和配置请见系列博文1.下载:fastq-dump -Z DRR047093 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数fastq-dump -X 5 -Z DRR047093文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ lltot ...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载相应的软件。 或者下载最新的source code,在服务器上用make 编译。