SRA Toolkit(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)是一款跨操作系统平台的(MS Windows/Linux/Mac),用于下载、处理和转化SRA格式文件的工具,包括fasta、fastq、sff和Illumina native等数据格式。本文重点演示在Linux系统和Windows系统下使用SRA Toolkit工具的fastq-dump插件实现SRA-fastq格式转换,部分重复内容请参考应用sra...
调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./fastq-dump--split-3SRR341593.sra # real 2m17.582s sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./fasterq-dump\--split-3SRR341593.sra--threads20--outdir./# real 2m13.907s 从这里看fastq fasterq速度差不多,sra为1.3Gbytes. 更多: Fastq-dump: 一个神奇的软件 快换fas...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 ...
fastq-dump工具:SRA Toolkit中最常用的工具,主要功能是将SRA数据转换为fastq格式。 用法:fastq-dump [options] <path/file> 常用参数: -h | --help输出所有参数、用法和版本信息(使用该命令查看到的帮助信息比官方的使用文档介绍的参数更多。) -V | --version输出版本号。
个人建议用fasterq-dump,对parallel-fastq-dump感兴趣自行搜索fastq-dump个人建议用fasterq-dump,而不是fastq-dump,但是fastq-dump支持输出的文件就是gz压缩后的文件,省事省存储,而且兼容性最好,如果fasterq-dump出现问题,再使用fastq-dump补充。fastq-dump常用命令如下,一般只需要修改输入输出路径即可。
fastq-dump.exe的路径\fastq-dump.exe—split-3sra文件的路径\sra文件 例:D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra (2)转换完成,fastq格式数据存在于原数据相同目录下 ...
/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i done [/shell] 解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量 四:结果文件解读 可以看到,每个SRA文件都产生了两个reads,分别是左右两端测序,说明这个SRA文件是双端测序策略。
sratoolkit.2.5.5-ubuntu64 1. 1.下载 下载地址: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software# 2.将sra转换成fastq: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/down/data/SRA$ ../../code/sratoolkit.2.5.5-ubuntu64/bin/fastq-dump SRR003161...