SRA Toolkit(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)是一款跨操作系统平台的(MS Windows/Linux/Mac),用于下载、处理和转化SRA格式文件的工具,包括fasta、fastq、sff和Illumina native等数据格式。本文重点演示在Linux系统和Windows系统下使用SRA Toolkit工具的fastq-dump插件实现SRA-fastq格式转换,部分重复内容请参考应用sra...
调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./fastq-dump--split-3SRR341593.sra # real 2m17.582s sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./fasterq-dump\--split-3SRR341593.sra--threads20--outdir./# real 2m13.907s 从这里看fastq fasterq速度差不多,sra为1.3Gbytes. 更多: Fastq-dump: 一个神奇的软件 快换fas...
fastq-dump工具:SRA Toolkit中最常用的工具,主要功能是将SRA数据转换为fastq格式。 用法:fastq-dump [options] <path/file> 常用参数: -h | --help输出所有参数、用法和版本信息(使用该命令查看到的帮助信息比官方的使用文档介绍的参数更多。) -V | --version输出版本号。
–interactive # 访问SRA ToolKit工具目录bin\子目录 cd bin # 测试fastq-dump工具 .\fasterq-dump....
prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 如何安装 一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能...
SRA Toolkit[1]可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 为了能够正常访问NCBI服务器和下载数据,SRA Toolkit必须进行适当的配置。其最新版本的默认配置,适用于大多数用户。如果默认配置不起作用,或者希望自定义Toolkit的文件处理(如默认下载存储位置),您需要配置Toolkit,然后测试它以确认它按预期运行...
个人建议用fasterq-dump,对parallel-fastq-dump感兴趣自行搜索fastq-dump个人建议用fasterq-dump,而不是fastq-dump,但是fastq-dump支持输出的文件就是gz压缩后的文件,省事省存储,而且兼容性最好,如果fasterq-dump出现问题,再使用fastq-dump补充。fastq-dump常用命令如下,一般只需要修改输入输出路径即可。
fastq-dump.exe的路径\fastq-dump.exe—split-3sra文件的路径\sra文件 例:D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra (2)转换完成,fastq格式数据存在于原数据相同目录下 ...