fastq-dump.exe的路径\fastq-dump.exe—split-3(已更新为--split-e) sra文件的路径\ sra文件 例:D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra (2)转换完成,fastq格式数据存在于原数据相同目录下 “—split-3”中“-3”表示...
tar xzvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz #注意设置环境变量 fastq-dump 为该toolkit的一个子程序 虽然[fastq-dump】参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码 fastq-dump--gzip--split-3--defline-qual'+'--defline-seq'@$ac-$si/$ri'SRRXXXXX|SRRXXX...
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.9/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin fastq-dump--help error ...
./SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 SRR26864896 #或者 ~/software/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fasterq-dump --split-3 SRR26864896 3.参数 我也没太仔细看它的参数 prefetch Options: -T|--type <value> Specify file type to download. Default...
fastq-dump.exe的路径\fastq-dump.exe—split-3sra文件的路径\sra文件 例:D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra (2)转换完成,fastq格式数据存在于原数据相同目录下 ...
1、下载SRA Toolkit并解压 进入NCBI的主页,在中间位置找到Download,点击进去后点击右下角的“Download Tools”,中间位置就是我们所需要的SRA Toolkit,点击Download或者用下面链接直达目的地: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 可以看到有好多个版本,Windows系统选择MS Windows 64...
/home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 $i done [/shell] 解压的同时它也会显示每个SRA文件的数据量 四:结果文件解读 可以看到,每个SRA文件都产生了两个reads,分别是左右两端测序,说明这个SRA文件是双端测序策略。
window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq 并将fastq转换成fasta文件 1.ncbi下载sra文件 ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR002/SRR002644/SRR002644.sra ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR003/SRR003161/SRR003161.sra...
如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项$ vdb-config -i --interactive-mode textual vdb-config interactive data source NCBI SRA: enabled (recommended) (1) local workspaces: local file ...
1、下载SRA Toolkit并解压 进入NCBI的主页,在中间位置找到Download,点击进去后点击右下角的“Download Tools”,中间位置就是我们所需要的SRA Toolkit,点击Download或者用下面链接直达目的地: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit ...