第一步:进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下载。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 第二步:选择“SRA Toolkit”的“Download”按钮,进入版本选择,此处我选择的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”,若想在linux系统中下载,可选择右键“复制链接地址”,然后到linux系统中用wget命令...
./SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 SRR26864896 #或者 ~/software/SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fasterq-dump --split-3 SRR26864896 3.参数 我也没太仔细看它的参数 prefetch Options: -T|--type <value> Specify file type to download. Default...
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz 将文件移动至指定文件夹,如/home/sratoolkit mkdir /home/sratoolkit mv sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz /home/sratoolkit 解压 cd /home/sratoolkit tar xzvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz 修改....
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit # Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive wget -P ~/Biosofts/https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz 2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Bi...
export HOME=/home/test02## 修改了默认的家目录,因为默认下载在家目录 004、下载命令 [root@pc1 test02]#/home/software02/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch --option-file download.list -X100000000 。 参考: https://codeleading.com/article/83981102254/...
单细胞测序技术中，Aspera Connect和SRA Toolkit是常用的下载工具，以下是它们的下载和安装方法。Aspera Connect安装 首先，使用wget下载Aspera Connect软件包：wget download.asperasoft.com...然后解压缩下载的文件：tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz 接下来，运行安装脚本：bash ...
二、Linux系统 (1) 下载SRA ToolKit工具 访问GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面(https://github.com/...
7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/ascp" >> ~/....
-istring 输入私钥,安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥,使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。 --hoststring ftp的host名,NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov;EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。
那么,如何能高效下载SRA数据呢,目前主要的方式包括5种:通过NCBI官方提供的SRA Toolkit工具进行下载;通过链接直接下载或Linux中的wget下载;利用aspera 高速下载;利用grabseqs 工具下载;运用python爬虫等工具进行辅助下载。这几种方式已有很多小伙伴发了帖子,想要使用哪种方式直接问度娘就好!