调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
SRA Toolkit(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)是一款跨操作系统平台的(MS Windows/Linux/Mac),用于下载、处理和转化SRA格式文件的工具,包括fasta、fastq、sff和Illumina native等数据格式。本文重点演示在Linux系统和Windows系统下使用SRA Toolkit工具的fastq-dump插件实现SRA-fastq格式转换,部分重复内容请参考应用sra...
1. 普通双端拆分 fastq-dump --split-files filename.sra 将SRA文件转换成R1和R2两个fastq文件,R1是Barcode+UMI,R2是RNA序列 2. 普通单端拆分 fastq-dump --split-3 filename.sra 3. 以.gz格式保存fastq文件 fastq-dump --gzip --split-files 4. 报错及解决 4.1 报错一 Rejected 20042 READS because RE...
sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./fastq-dump--split-3SRR341593.sra # real 2m17.582s sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./fasterq-dump\--split-3SRR341593.sra--threads20--outdir./# real 2m13.907s 从这里看fastq fasterq速度差不多,sra为1.3Gbytes. 更多: Fastq-dump: 一个神奇的软件 快换fas...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: 代码语言:javascript 复制 Usage:fastq-dump[options]<path>[<path>...]fastq-dump[options]<accession>Use option--helpformore information 一. 拆解一个sra文件 ...
fastq-dump工具:SRA Toolkit中最常用的工具,主要功能是将SRA数据转换为fastq格式。 用法:fastq-dump [options] <path/file> 常用参数: -h | --help输出所有参数、用法和版本信息(使用该命令查看到的帮助信息比官方的使用文档介绍的参数更多。) -V | --version输出版本号。
SRA Toolkit[1]可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 为了能够正常访问NCBI服务器和下载数据,SRA Toolkit必须进行适当的配置。其最新版本的默认配置,适用于大多数用户。如果默认配置不起作用,或者希望自定义Toolkit的文件处理(如默认下载存储位置),您需要配置Toolkit,然后测试它以确认它按预期运行...
如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项$ vdb-config -i --interactive-mode textual vdb-config interactive data source NCBI SRA: enabled (recommended) (1) local workspaces: local file ...
去sratoolkit.2.10.7的目录下,执行./bin/vdb-config --interactive。 出来的配置界面果然与上次的配置界面不同。 配置完毕后,再执行./bin/fastq-dump命令,没有前面的error,执行成功。 更改PATH,此为后话。 总结: 1.任何异常、怀疑都要重视。 比如,我执行fastq-dump时,发现版本号2.5。我心里疑惑了一下下:怎么...
sratoolkit.2.5.5-ubuntu64 1. 1.下载 下载地址: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software# 2.将sra转换成fastq: hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/down/data/SRA$ ../../code/sratoolkit.2.5.5-ubuntu64/bin/fastq-dump SRR003161...