fastq-dump属于老款,按官方说法是目前仍然支持,但将来可能弃用。下面的fasterq-dump是新款。 2、 fasterq-dump 也是sra-tools提供: 参考文章:fasterq-dump使用介绍 使用差不多,参数上多了-e,后面加上想使用的线程数。 示例: fasterq-dump -p -e 24 --split-3 -O ${outdirectory} SRR1234567.sra -p可以显...
[b20223040323@admin1 test02]$time fasterq-dump -e48-p --split-3SRR3156163.sra -O result ## -p显示进度, -O参数指定输出目录, -e线程join :|---100%concat :|---100%spots read :51,332,776reads read :102,665,552reads written :102,665,552real 0m31.166s user 4m37.099s sys 1m7.211s...
# 输出.gz fastq压缩文件/pfastq-dump/bin/pfastq-dump\--threads8--outdir ./ ./SRR349XXXX.sra...
的批量操作,你可以按照以下步骤进行。这些步骤将帮助你高效地处理多个SRA数据库编号,并将它们转换为FASTQ格式的文件。 1. 了解fastq-dump命令的基本用法 fastq-dump是sratoolkit中的一个工具,用于将SRA格式的数据转换为FASTQ格式。基本用法如下: bash fastq-dump --split-files --gzip SRR_accession_number 其中,-...
time(fastq-dump-O./--split-3--gzipSRR3414630.sra) ② fasterq-dump fasterq-dump工具已经是包含在sra-tools中了,不需要额外再下载。 fasterq-dump没有--gzip的选项,若想生成压缩格式文件,常与多线程压缩工具pigz联合使用 (非--gzip模式) 用时:1m21s ...
同样的如果上面的fastqer-dump运行报错,请把 SRR5318040.sra 改成 ./SRR5318040. 从用户模式(user mode)来看, 两者的总CPU使用时间都差不多是560秒,从内核模式来看(Kernel Mode)来看,fasterq-dump花了更多时间在调用底层硬件上,例如分配内存地址。fastq-dump基本上稳定在一个线程,而fasterq-dump尽管指定了20个线...
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq ...
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq ...
fastq-dump -O ./data SRR492257 #将fastq格式的Reads文件下载到./data目录,但是Read 1与Read2并排存储在fastq文件中,对后续分析造成不便。 fastq-dump –split-files -O ./data SRR492257 #将Reads 1和Reads 2两个文件均下载到./data目录 参考资料: ...
SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --spli...