使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件；但如果使用BWA比对，则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持...
调用fastq-dump命令失败,根据系统提示,直接在系统环境安装成功: sudo apt install sra-toolkit 现在可以使用fastq-dump了 1.2 fastq-dump使用 查看帮助文档: fastq-dump --help 使用格式:Usage: fastq-dump [ options ] [ accessions(s)... ] 示例: fastq-dump --gzip --split-3 -O ${outdirectory} SRR12...
time(parallel-fastq-dump-t12-O./--split-files--gzip-sSRR7722937.sra) 通过以上测试,可以看到parallel-fastq-dump是处理SRA文件最为快速的!!! 在本例中,调用12线程,parallel-fastq-dump处理SRA文件比fasterq-dump+pigz快2-3倍, 比fastq-dump快8-10倍! 那之后就多尝试用parallel-fastq-dump代替我常用的faste...
fastq-dump是SRAtoolkit中使用频率很高的命令,用于从SRA文件中拆解提取fastq文件。具体用法如下: Usage:fastq-dump [options] <path> [<path>...] fastq-dump [options] <accession> Use option --help for more information 一. 拆解一个sra文件 cd~/Seqsfastq-dump--split-filesSRR6232298.sra ...
fasterq-dump-e16--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra 运行结果: spots read : 22,852,619 reads read : 45,705,238 reads written : 45,705,238 下面看一下成成的文件:已经解压成_1.fastq和 _2.fastq两个文件,大小都是6.1G。 代码语言:javascript ...
如何用fastq-dump把sra格式转成fastq格式(fq格式) sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式,而平常我们工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 转成fastq,从 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software下载相应的软件。
通过fastq-dump将sra文件转换为fastq格式 #将之前的SRR3589956~SRR3589962转换为fastq格式 #批量生成脚本,并让每条命令后台执行,速度更快 for i in `seq 56 62`;do echo fastq-dump --gzip --split-3 /home/u3893/rna_seq_AKAP95/sra/SRR35899$i -O /home/u3893/rna_seq_AKAP95/data/rna_seq \&;...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
使用fastq-dump下载SRA数据 环境和配置请见系列博文 1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll ...
sra_sdk-2.0.0rc1/linux/rel/gcc/x86_64/bin/fastq-dump -A SRR034580 -D SRR034580.sra 这样就可以很简单的把sra格式转成fastq格式了。 转换.sra 文件成 .fastq/fasta 文件 #single-end 单端测序 .../fastq-dump DRR000003.sra # 结果生成DRR000003.fastq ...