1.下载: fastq-dump -Z DRR047093 1. 然后会显示信息:如果文件过大会有很多 可以显示制定条数 fastq-dump -X 5 -Z DRR047093 1. 文件位置:自己安装sratoolkit时配置的位置 hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ ll total 7532 drwxrwxr-x 2 hadoop hadoop 4096 1月 13 17:17 ....
softwares/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./prefetch SRR1778450 prefetch下载数据似乎有自动查重的功能,已下载,或者别的程序正在下载的数据不会再次被下载,log文件似乎如此吧。 2021-02-07T08:04:56prefetch.2.10.9:1)Downloading'SRR413758'...2021-02-07T08:04:56prefetch.2.10.9warn:lockexistswhilecopying ...
使用fastq-dump从NCBI的SRA数据库下载数据 测序类的论文,一般需要将原始测序reads数据上传到某个公开的数据库,然后在文章末尾标明数据存储位置和登录号。NCBI的SRA (Sequence Read Archive) 数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/) 是最常用的存储测序数据的数据库。如何从SRA数据库下载他人公开的数据,以作己...
数据下载 方法：https://www.omicsclass.com/article/964
1.安装sra-tools: conda install sra-tools=3.0.7 -y 2. 下载Accession List 进入NCBISRA搜索页,使用BioprojectID搜索,然后点击Biosample,将列出来的所有Biosample都选中,在右上脚有个Send,选择File,Format选择 AccessionList,然后将保存的text移到你需要下载文件的目录下# 3. 使用Prefetch进行快速下载 ...
下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器, 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 ...
可能程序不兼容， 可以更换个版本试试。另外建议参考下程序对配置的要求。或者右键需要运行的程序 选择兼容性 用兼容模式运行试试。
下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令也不能退出,只能关掉窗口重新链接服务器, 以fasterq-dump in cluster为关键词搜索,找到了一些关于这个问题的讨论 https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/161 ...
fastq-dump是常用用来下载NCBI原始测序SRA数据的工具,但是它的参数也是比较杂乱,我根据查到的数据说下我的体会 --outdir <File_name> # 输出文件夹名 --gzip # 使用gzip压缩结果 (目的是减少占用硬盘大小) --skip-technical # 只输出biological reads,不然会technical reads输出,而technical reads不是我们想要的 ...
下载sra,最新版prefetch已不支持aspera,原因是ncbi数据存储已改成云模式,ascp并不支持,速度没优势 之前用fastq-dump用以下命令一次将全部sra...