使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如何修改默认配置,特别是下载数据的存放位置 vdb-...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
1.下载 我下载的是3.0.7版本 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz #wget下载太慢了,我直接下载到本地然后传输的 tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-...
#先通过SRA Toolkit安装prefetch mkdir bio_soft cd~/XXX/bio_soft wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz# 最好选择最新版本以防止失去连接,以ubantu为例。 tar -xzvfsratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz echoexport PATH=$PATH:~/XXX/bio_soft/srato...
首先,下载最新发布的sratoolkit(基于自己的系统选择版本): CentOS Linux 64 bit architecture Ubuntu Linux 64 bit architecture MacOS 64 bit architecture MS Windows 64 bit architecture $ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz ...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货。 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa 2.下载:Accession List「获得SRR_Acc_List.txt」;其打开后格式如下「糯米饭使用的是TextMa...
使用SRA Tookit 的prefetch进行下载,prefetch放在sratoolkit文件夹下的bin目录。 sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch--option-file sra.txt 方法二:迅雷下载 迅雷下载的方法我们之前介绍过,此方法可参考 ,这里我就不赘述了。 方法三:wget下载 前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据,小编通常用的也是第二种方...
sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch --option-file sra.txt 方法二:迅雷下载 迅雷下载的方法我们之前介绍过,此方法可参考 更快更稳地下载NCBI里的测序数据 ,这里我就不赘述了。 方法三:wget下载 前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据,小编通常用的也是第二种方法,但是偶尔也会遇到一些特殊的数据是下载...