使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 下载后直接解压就好,我直接放在E盘根目录下。 配置系统环境变量 快捷键win+R,输入sysdm.cpl,打开配置path,点击环境变量,再点击系统变量的path,点击新建,把你存放sratoolkit的路径复制黏贴加上去,最后点击确定。 测试(配置) 快捷键win+R,输入c...
1.下载 我下载的是3.0.7版本 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz #wget下载太慢了,我直接下载到本地然后传输的 tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-...
使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如何修改默认配置,特别是下载数据的存放位置 vdb-...
#先通过SRA Toolkit安装prefetch mkdir bio_soft cd~/XXX/bio_soft wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz# 最好选择最新版本以防止失去连接,以ubantu为例。 tar -xzvfsratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货。 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa 2.下载:Accession List「获得SRR_Acc_List.txt」;其打开后格式如下「糯米饭使用的是TextMa...
使用SRA Tookit 的prefetch进行下载,prefetch放在sratoolkit文件夹下的bin目录。 sratoolkit-centos_linux64/bin/prefetch--option-file sra.txt 方法二:迅雷下载 迅雷下载的方法我们之前介绍过,此方法可参考 ,这里我就不赘述了。 方法三:wget下载 前两种方法都能够比较快速稳定的下载SRA数据,小编通常用的也是第二种方...
[root@PC3 bin]#./fastq-dumpThis sra toolkit installation has not been configured.Before continuing, please run:vdb-config --interactiveFor more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ 14、 [root@PC3 bin]# ls ...