3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生了17 个簇,这三个数据集在UMAP图上产生了良好的分布重叠(图3)。研究进一步计算三个数据集中每种细胞占总细胞的比例,发现snRNA-seq数据集中...
3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生了17 个簇,这三个数据集在UMAP图上产生了良好的分布重叠(图3)。研究进一步计算三个数据集中每种细胞占总细胞的比例,发现snRNA-seq数据集中...
3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生了17 个簇,这三个数据集在UMAP图上产生了良好的分布重叠(图3)。研究进一步计算三个数据集中每种细胞占总细胞的比例,发现snRNA-seq数据集中...
1.scRNA-seq数据分析主要包括数据预处理、细胞聚类、基因表达差异分析等步骤。由于单个细胞的RNA测序数据存在噪音和稀疏性,因此需要进行特殊的数据处理和统计分析方法。 2.snRNA-seq数据分析与scRNA-seq类似,但由于细胞核中的RNA相对稳定且不易受到细胞状态的影响,因此在数据预处理和细胞聚类等步骤上可能会有一些差异。
其实在阅读单细胞文献,并且整理文献阅读笔记的时候,每次都会都文章用到的数据进行了解和整理,也多次看到过ScRNA-seq(单细胞转录组测序)与SnRNA-seq(单细胞核测序),但是我基本上都是只确认是single cell RNA sequencing就结束了,目光锁定single cell 最近在根据单细胞测序书籍补充基础知识,才发现原来原来还有single-nucle...
除了scRNA-seq,单细胞核RNA测序(snRNA-seq)是原生质体获取具有难度的物种进行单细胞水平检测分析的替代选择。 snRNA-seq的优势 一些成熟度高的部研究对象广,如冻存样本、较难制备原生质体组织(难以酶解、细胞壁厚等)均可适用,样品保存和运输更便捷;位,他们的细胞壁很厚、木质化程度高,难以消化; ...
文章摘要:单核 RNA 测序 (snRNA ‑seq) 是 一种用于分析细胞中基因表达的方法 分离是复杂的,例如在肝细胞癌中 (HCC) 组织。它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。
snRNA-seq检测到的基因,有92.3% 可以通过Bulk RNA-seq 检测到(FPKM > 1 ),表明snRNA-seq 具有较高的敏感性,snRNA-seq和Bulk RNA-seq 的相关性达到0.9 ,表明具有很高的重现性。后面的分析就和常规scRNA-seq的分析类似了。 德国的团队同样的,在分析单细胞数据前,进行了独立的bulk RNA-seq实验来识别原生质体...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
scRNA-seq与snRNA-seq在应用场景和优势上有所不同。scRNA-seq在新鲜组织样本中表现优异，能够提供全面的基因表达图谱，适合于细胞类型多样性的研究。而snRNA-seq则在处理冷冻样本时表现出色，为单细胞技术在更广泛样本类型中的应用提供了可能性。在选择适合的技术时，需要考虑样本类型、研究目的和目标细胞...