在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
在本周一的文章(复现原文(一):Single-cell RNA sequencing of human kidney(step by step))中,我们完成了scRNA-seq数据的质控(Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(三)- 原始数据质控)、批次校正、找Marker基因(单细胞分群后,怎么找到Marker基因定义每一类群?)、UMAP可视化和tSNE可视化(Hemberg-lab单细胞转录组数据分...
然而,bulk RNA测序不能反映单细胞水平的转录组,只能反映总体平均RNA表达(自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以)。 正常人肾脏的全面细胞解剖结构对于解决肾脏疾病和肾癌的细胞起源至关重要。一些肾脏疾病可能是细胞类型特异性的,尤其是肾小管细胞。为了研究人肾脏的分类和转录组信息,作者迅速获得了肾脏的单...
然而,bulk RNA测序不能反映单细胞水平的转录组,只能反映总体平均RNA表达(自从用了这个神器,大规模RNA-seq数据挖掘我也可以)。 正常人肾脏的全面细胞解剖结构对于解决肾脏疾病和肾癌的细胞起源至关重要。一些肾脏疾病可能是细胞类型特异性的,尤其是肾小管细胞。为了研究人肾脏的分类和转录组信息,作者迅速获得了肾脏的单...
Chen Z , Zhou L , Liu L , et al. Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma[J]. Nature Communications, 2020, 11(1):5077. 作者:生信阿拉丁 链接:https://www.jianshu.com/p/a09a67e4566b...
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) can be used to identify and characterize distinct immune cell subsets in health and disease. The transcriptional signatures of these immune cells enable the identification of novel pathogenic drivers and biomarkers. ...
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), a technology that analyzes transcriptomes of complex tissues at single-cell levels, can identify differential gene expression and epigenetic factors caused by mutations in unicellular genomes, as well as new cell-specific markers and cell types. scRNA-seq plays...
Single-cell sequencing in cancer research Genome-wide single-sequencing investigations have the potential to classify individual within a mass. In recent years, various single-DNA and RNA quantific... M Mato Prado,AE Frampton,J Stebbing,... - 《Expert Review of Molecular Diagnostics》 被引量: ...
单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术作为一项革命性工具,在单细胞水平上对转录组进行分析,已经被广泛用于多个方面的生物医学研究,包括肿瘤异质性研究、新细胞类型的鉴定、组织发育与细胞分化过程研究和基因调控网络研究等。通过scRNA-seq获得高通量的单细胞转录组数据后,利用原位组织学验证是目前流行...
单细胞RNA测序区别于混池RNA测序的地方在于每个测序库(sequencing library)都代表着一个单细胞,所以我们应该将着眼点放在比较单个不同细胞上(或细胞群),这种测序库(sequencing library)的差异来源于一下两个方面: Amplification:扩增偏差,单个细胞初始转录本的捕捉效率和低输入会导致这样的偏差 ...