搬运,这个是详细版的单细胞测序,这个视频详细介绍了单细胞测序和整体的RNA-seq 也就是转录组测序的区别。这个老哥有点印度口音哈哈哈哈, 视频播放量 1763、弹幕量 4、点赞数 58、投硬币枚数 27、收藏人数 170、转发人数 23, 视频作者 爱科研的医学生Vivian, 作者简介 要做
2. Smart-seq:本方案将cDNA打断后,对转录本的所有片段测序,优势是测序灵敏度高(基因检出数比3‘/5’ 转录组测序高)、可以检测转录本的全长片段信息,缺点是细胞通量较低,单个细胞的测序成本较高,而且检测的并不是真实的全长转录本; 3. 单细胞三代转录组测序:在获得单细胞全长cDNA后经过扩增和建库,用Nanopore...
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加A的思路成就了第一篇单细胞转录组文章,2011年富集5端的带细胞Barcode的模板转换法原理启发了之后一大批单细胞转录组方法的建立。2012年,...
所以single cell RNA-seq的技术也应运而生,这种技术首先由M Azim Surani及汤富酬创建于2009年,发表于NATURE METHOD:Tang, Fuchou, Catalin Barbacioru, Yangzhou Wang, Ellen Nordman, Clarence Lee, Nanlan Xu, Xiaohui Wang, et al. 2009. “mRNA-Seq Whole-Transcriptome Analysis of a Single Cell.” Nat...
single cell RNAseq小云爱生信 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 4391 0 31:51 App RNAseq数据中Fastq到count教程 4384 6 15:41 App 从心性上走就是全部收回来,整个身体像一个单细胞一样,全神贯注在整个身体上,保持觉照,很清醒地觉照 819 0 15:41 App 从心性上走就是全部收回来,...
在关于利用Single-CellRNA-Seq来确定T细胞是否被激活选用的指标时,作者表示早期激活指标选用IFN-γ,IL-2备选(4小时);4-1BB(CD137)可作为晚期激活指标(16-48小时)。 最后,作者表示虽然本研究有效提高了TCRs筛选的效率,但依然需要花费较多的人力和时间,其中制备GMP级别的细胞需要3-5个月,而针对肿瘤突变抗原的RNA...
2017年发表在Nature Methods杂志上的SCENIC[1]算法,利用单细胞RNA-seq数据,同时进行基因调控网络重建和细胞状态鉴定,应用于肿瘤和小鼠大脑单细胞图谱数据,提出并证明了顺式调控网络分析能够用于指导转录因子和细胞状态的鉴定。SCENIC通过使用生物学驱动的features自动清除肿瘤样本特异性等批次效应。
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...
Autoencoder:机器学习中的自动编码器,这篇文章里面用的是去噪编码器,坊间称之为denoise autoencoder(DAE),在sc-RNAseq中除去dropout的噪声是非常理想的一种模型。 Therefore,这篇文章已经发表在了NC的18年预印本上,证明其方法和文章质量很是不错。 基本原理of DAE: ...