搬运,这个是详细版的单细胞测序,这个视频详细介绍了单细胞测序和整体的RNA-seq 也就是转录组测序的区别。这个老哥有点印度口音哈哈哈哈, 视频播放量 1631、弹幕量 2、点赞数 57、投硬币枚数 27、收藏人数 167、转发人数 21, 视频作者 爱科研的医学生Vivian, 作者简介 要做
为了验证鉴定小鼠interneurons的Dlx1/2调控网络,作者分析了人脑的sNuc-Seq(Single nuclei RNA-Seq)数据集。 在人类脑sNuc-Seq数据集上,SCENIC也鉴定出由DLX1/2强烈驱动的interneurons细胞群,该群具有与小鼠相同的motif,并且识别出一组保守的靶标,包括DLX1本身。 接下来,作者将这种跨物种分析扩展到其他细胞类型。与基...
所以single cell RNA-seq的技术也应运而生,这种技术首先由M Azim Surani及汤富酬创建于2009年,发表于NATURE METHOD:Tang, Fuchou, Catalin Barbacioru, Yangzhou Wang, Ellen Nordman, Clarence Lee, Nanlan Xu, Xiaohui Wang, et al. 2009. “mRNA-Seq Whole-Transcriptome Analysis of a Single Cell.” Nat...
Integrate single-cell RNA-Seq datasets in R using Seurat (CCA) 575 -- 12:56 App (字幕)Single Cell RNA Seqencing(scRNAseq)原理 - Finding a cure for DIPG 1028 -- 9:28 App 单细胞RNA测序讲解(single cell RNAseq) 2500 -- 11:23 App RNA-seq数据分析 2.7万 156 25:02 App 【陈巍学...
2017年,multiple annealing and dC-tailing-based quantitative single-cell RNA-seq (MATQ-seq)发表于NATURE METHODS,这篇文章非常值得一读,文章将自己的数据同低通量的单细胞转录组方法的金标准SMART-seq2做对比,依旧有过之而无不及。文章使用primer mix(如下)对total RNA进行反转 GATdT primers:反转poly(+) ...
Figure 1. Schematic of a typical single-cell RNA-seq analysis workflow. 原始数据预处理和比对后获得gene count矩阵后作为本分析流程的开始。 2. 数据预处理 - Pre-processing 数据预处理的目的是获得counts矩阵或者read counts 矩阵,这两者的区别取决于测序时候是否加入UMIs作为分子识别符(molecular identifier)。
懿贝瑞:Single-Cell RNA-Seq助力肿瘤突变抗原特异性TCRs的发现 众所周知,T-cell receptors(TCR)的作用是识别抗原,在肿瘤免疫治疗当中发挥着重要作用。TCR分为两类:TCR1和TCR2,TCR1由γ和δ两条链组成,TCR2由α和β两条链组成。外周血中的T细胞有90%-95%表达TCR2,而且单个T细胞只表达TCR1和TCR2中的一个,...
使用single-cell RNA-seq能够从海量的单细胞数据中揭示组织中不同细胞类型,以及同一细胞中不同基因的表达情况。这篇文章通过单细胞RNA-seq构造了小鼠雄性生殖细胞分化发育的表达动态图谱,揭示了关键调控因子,并且提供了一种分离最后阶段圆形精子的表面标...