单细胞测序技术(single cell sequencing) 单细胞测序技术(single cell sequencing)是指在单个细胞水平上,对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术,它能够弥补传统高通量测序的局限性,揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态,反映细胞间的异质性。2013年,单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得...
本月,美国安德森癌症中心的研究人员在Cell上发表”Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing (doi:10.1016/ 肿瘤细胞往往存在着各不相同的遗传特征,这被称为肿瘤内异质性。它们独特的细胞构成使得治疗变得更加困难。此前的单细胞DNA测序方法已经打开了探索肿瘤细胞的大门,成...
6、对肿瘤区域的克隆型T细胞进行了分析,发现危重病人的克隆型Treg占据的比例更高,同时发现了这样一个亚群CD8+FOXP3+,分析克隆发现是,CD8+FOXP3-的细胞分化而来, Tregs and exhausted CD4 T cell clusters 共享很少,indicated the potential conversion from exhausted CD4 T cells to inducible Tregs。 最后看一下文...
要在基因-细胞 scRNA-seq 矩阵expr和附带数据框meta上使用默认参数运行 Augur（其中包含cell_type和label...
1、单细胞测序发展历程 从下图单细胞的发展历程来看，在上个世纪人们就开始探究单细胞的研究了。那么...
汤富酬博士就在已有的实验方法上作出了改进,将T7聚合酶逆转录的时间从5min提升到30min,以期获得更长的cDNA,cDNA扩增的PCR反应时间也从原来的3min提升到6min,获得的cDNA长度达到0.5-3kb。同时他还在PCR引物的5’端加了氨基的修饰,从而防止双链cDNA与SOLiD文库接头连接上。下面我将完整的讲述一下汤富酬博士的整个扩增...
单细胞测序(Single-cell sequencing) 单细胞转录组就是某一时刻单个细胞内所有mRNA总表达量,其表达量反映该细胞的总体特征。单细胞转录组技术的出现使得我们可以把研究的精度从组织多细胞层面精确到单个细胞领域,可以单独研究某个细胞或者某群细胞具体的特征,特别是对于细胞发育、肿瘤微环境、单细胞图谱绘制方面发挥了...
2017年3月,美国俄勒冈的研究人员在Nature Methods上发表“Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing (doi:10.1038/nmeth.4154) ”文章,开发出一种SCI-seq (single-cell combinatorial indexed sequencing,单细胞组合标记测序技术),多次对细胞进行条形码编码标记后对它们进行测序,可以同时构建...
本月,美国安德森癌症中心的研究人员在Cell上发表”Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing (doi:10.1016/ j.cell.2017.12.007)” 的研究性文章,发明了一种新的“地形”单细胞测序技术 (Topographic Single Cell Sequencing, TSCS)来研究细胞位置的空间信息,用于研究早期...
Human T cells coordinate adaptive immunity in diverse anatomic compartments through production of cytokines and effector molecules, but it is unclear how tissue site influences T cell persistence and function. Here, we use single cell RNA-sequencing (scRNA-seq) to define the heterogeneity of human ...