Signac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前,Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据,之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。 Signac包主要支持以下功能: 单细胞数据质控指标的计算 数据降维、可视化和细胞聚类 细胞类型特异性peak的鉴定 “pseudo-bulk...
在上述两个数据集中,sci-ATAC-seq数据是比对到小鼠mm9参考基因组的,而10x的数据是比对到小鼠mm10参考基因组的,因此这两个数据集中peaks的基因组坐标信息是不同的。我们可以使用rtracklayer包将mm9参考基因组的坐标信息转换到mm10中,并使用mm10的坐标更换sci-ATAC-seq数据中peaks的坐标,其中liftover转换的chain文件...
library(Signac)library(Seurat)# define a convenient function to load all the data and create a Seurat objectcreate_obj<-function(dir){count.path<-list.files(path=dir,pattern="*_filtered_peak_bc_matrix.h5",full.names=TRUE)fragment.path<-list.files(path=dir,pattern="*_fragments.tsv.gz",ful...
在本教程中,我们将学习使用Signac包进行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用两种互补的方法进行motif分析:一种是通过在一组差异可及性peaks中找到...