Signac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前,Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据,之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。 Signac包主要支持以下功能: 单细胞数据质控指标的计算 数据降维、可视化和细胞聚类 细胞类型特异性peak的鉴定 “pseudo-bulk...
在上述两个数据集中,sci-ATAC-seq数据是比对到小鼠mm9参考基因组的,而10x的数据是比对到小鼠mm10参考基因组的,因此这两个数据集中peaks的基因组坐标信息是不同的。我们可以使用rtracklayer包将mm9参考基因组的坐标信息转换到mm10中,并使用mm10的坐标更换sci-ATAC-seq数据中peaks的坐标,其中liftover转换的chain文件...
Signac是Seurat的一个扩展功能R包,可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前,Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据,之后还会添加其他基于染色质调控的单细胞测序数据分析的新功能。 Signac包主要支持以下功能: 单细胞数据质控指标的计算 数据降维、可视化和细胞聚类 细胞类型特异性peak的鉴定 “pseudo-bulk...
在本教程中,我们将学习使用Signac包进行DNA序列的motif富集分析。Signac包可以使用两种互补的方法进行motif分析:一种是通过在一组差异可及性peaks中找到overrepresented的基序motifs,另一种是在不同细胞组之间执行差异基序活性(motif activity)分析的方法。 安装并加载所需的R包 ...
当合并多个单细胞染色质数据集时,我们必须注意到,如果每个数据集都是独立的进行peak calling,则它们得到的peaks可能不是完全一致的。Seurat在处理时会把所有不完全相同的peaks视为不同的features。因此,我们在合并完多个数据集后需要创建一组通用的peaks。