Fluidigm C1, CelSeq, CelSeq2, inDrops<NA>FALSE<NA>pbmc3k.SeuratData 10x v1<NA>FALSE<NA>pbmcsca.SeuratData 10x v2, 10x v3, SMARTSeq2, Seq-Well, inDrops, Drop-seq, CelSeq2 HCA benchmark FALSE<NA>
SeuratDate是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它代表了一种方便用户访问Seurat中使用的数据集的方法。具体安装命令为: devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 安装之后,我们通过以下命令查看该R包内含的数据集: 我们可以看到该R包内含6个数据集,全部都是人源数据,...
SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集的简便方法。 安装 SeuratData的安装可以通过devtools完成 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started ...
devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 重新设置下载安装时间 这一步很重要,很多人报错就是因为这个默认的R包安装时间,这个时间只有60s,60s没有下载就会报错。而我们的data数据较大,所以需要时间下载,我们将这个时间设置为1000s. getOption("timeout") options(timeout = 1000) 通过AvailableData()查...
library(SeuratData) AvailableData() InstallData()无法安装数据集 InstallData("stxBrain") Using cached data manifest, last updated at 2022-09-19 19:49:50 错误: No access to remote SeuratData repository, unable to install new datasets 解决办法 我们利用软件包的形式安装数据集,如下: install.packages...
df = AvailableData() dts = rownames( df ) lapply(gsub('.SeuratData','',dts), InstallData) 目前总共是21个数据集,从标题很容易看到不同数据集来源和意义: 21个数据集 前面的 批量下载和安装每个数据集 ,本质上就是调用 InstallData 函数而已,它就是下载一个压缩包,然后安装即可; ...
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 ...
InstallData("stxBrain") Using cached data manifest, last updated at 2022-09-19 19:49:50 错误: No access to remote SeuratData repository, unable to install new datasets 解决办法 我们利用软件包的形式安装数据集,如下: install.packages("stxBrain.SeuratData", repos="http://seurat.nygenome.org/...
scRNAseq分析【seuratData包及数据集的下载】 1 2 3 4 library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData)#https://github.com/satijalab/seurat-data LoadData("ifnb")好文要顶 关注我 收藏该文 微信分享 Stellaself 粉丝- 0 关注- 2 +加关注 0 0 升级...
在加载包SeuratData是遇到了以下报错:重装还是不解决问题,之前使用也没有出现过报错。检测.libPaths()路径也是没有问题的,所以有可能为内码冲突问题 在操作台运行 Sys.setlocale(category = "LC_ALL", locale = "us") 成功导入