R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 remotes::install_github("satijalab/seurat-data") 本文禁...
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 载入了名字空间‘spatstat.utils’ 2.3-1,但需要的是>= 3.0.0 尝试安装|包源:|spatstat.utils_3.0-1.tar.gz| install.packages("E:/下载/spatstat.utils_3.0-1.t...
Warninginif(is.na(desc)){:条件的长度大于一,因此只能用其第一元素 Warninginif(is.na(desc)){:条件的长度大于一,因此只能用其第一元素**testingifinstalledpackagekeeps a record of temporary installation path*DONE(SeuratData)
在R中,包名通常是大小写敏感的,并且遵循一定的命名规范。根据您提供的错误信息,很可能您想要加载的是名为 SeuratData 的包,而不是 seuratdata。 指出正确的R包名称: 正确的R包名称应为 SeuratData。这个包通常用于访问单细胞RNA测序数据集的注释和预处理版本。 提供安装正确R包的代码示例: 如果您尚未安装 SeuratD...
download of package 'ifnb.SeuratData’ failed ErrorinloadNamespace(name): there is no package called 'ifnb.SeuratData’ 我们可以尝试本地安装的方法 首先通过https://seurat./src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz下载ifnb数据集到本地,然后上传到服务器。
Installation of datasets can be done withInstallData; this function will accept either a dataset name (eg.pbmc3k) or the corresponding package name (eg.pbmc3k.SeuratData).InstallDatawill automatically attach the installed dataset package so one can immediately load and use the dataset. ...
(rdrr.io链接)的介绍是这样的:A normalization method for single-cell UMI count data using avariance stabilizing transformation. The transformation is based on anegative binomialregressionmodelwith regularized parameters. As part of the same regression framework, this package also provides functions for...
今天不小心更新了一下Seurat,发现FindAllMarkers突然报错了。报错信息类似下图: 因为不想再复现一遍报错信息以免又出啥别的bug,这里找了相关的issue的截图。 重点信息是以下这句话: Warning: When testing 0 versus all: data layers are not joined. Please run JoinLayers ...
加载SeuratData时,将显示所有可用数据集的列表(这与其他元数据包(如tidyverse)以及用于创建每个数据集的Seurat版本相似。suppressPackageStartupMessages > library(SeuratData) ── Installed datasets ──────────────────────────────────────────────────...
Installation of datasets can be done withInstallData; this function will accept either a dataset name (eg.pbmc3k) or the corresponding package name (eg.pbmc3k.SeuratData).InstallDatawill automatically attach the installed dataset package so one can immediately load and use the dataset. ...