然后再在Rstudio中手动安装 install.packages('/local/txm/software/SeuratData/pbmcMultiome.SeuratData_0.1.0.tar.gz', repos = NULL, type = "source") 大功告成: Installingpackageinto'/local/txm/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0'(as'lib'isunspecified)*installing*source*package‘pbmcMultiome.S...
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 remotes::install_github("satijalab/seurat-data")...
安装记录 SeuratData::InstallData("pbmc3k")Installingpackageinto ‘C:/Users/Cuixia/Documents/R/win-library/4.0’(as‘lib’isunspecified)试开URL’http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz' Content type'application/octet-stream'length93780025bytes(89.4MB)downloaded89.4MB...
R if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SeuratData") 这里首先检查是否已安装 BiocManager,因为 SeuratData 是一个Bioconductor包,需要使用 BiocManager 来安装。 提示用户检查网络连接和CRAN镜像设置: 在安装过程中,确保您的网络连接是正常的...
remotes::install_version("SeuratObject",version="4.1.4") 版本解决后,我们可以看到Rstudio中的包版本为: 并且当我们完成样本整合后,得到整合后的counts与data。 @counts:未作任何处理的原始 RNA表达矩阵 。 @data:原表达矩阵通过 NormalizeData ()归一化 消除测序文库差异,即测序深度的影响 ...
installation of package ‘stxBrain.SeuratData’ had non-zero exit status Even though I tried the code recommended in#15, it did not work as below. > install.packages("http://seurat.nygenome.org/src/contrib/stxBrain.SeuratData_0.1.1.tar.gz", repos = NULL, type = "source") ...
Installation of datasets can be done withInstallData; this function will accept either a dataset name (eg.pbmc3k) or the corresponding package name (eg.pbmc3k.SeuratData).InstallDatawill automatically attach the installed dataset package so one can immediately load and use the dataset. ...
there is no package called 'ifnb.SeuratData’ 我们可以尝试本地安装的方法 首先通过https://seurat./src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz下载ifnb数据集到本地,然后上传到服务器。 然后用install.packages()安装: install.packages("所在文件夹名称/ifnb.SeuratData_3.0.0.tar.gz",repos=NULL,type...
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 ...
devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started 加载SeuratData时,将显示所有可用数据集的列表(这与其他元数据包(如tidyverse)以及用于创建每个数据集的Seurat版本相似。suppressPackageStartupMessages > library(SeuratData) ── Installed datasets ────────────────────...