1.10X标准格式(MEX) #相关R包载入: library(Seurat) library(harmony) library(ggplot2) #检查当前Seurat版本: packageVersion('Seurat') 01 单样品读入 这里我们以GSE251912为例,单个样本标准文件读入V4和V5差别不大,大家下载需要的样品文件到本地,记得修改好文件夹名和文件名(barcodes.tsv.gz,features.tsv.gz,...
我走的流程原网站地址:https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html 首先我们需要在自己的RStudio中安装Seurat包 install.packages('Seurat') library('Seurat') packageVersion("Seurat") ?Seurat 原参考页面中还使用了一些相关的R包,所以我们也需要一并安装上,如果你已经安装了这些包就跳过这一步 i...
package ‘Seurat’ was built under R version 3.6.3 解决方法: 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. install.packages('devtools')devtools 1. 2. remove.packages(grep("spatstat", installed.packages(), value = T)) .rs.restartR() devtools::install_version("spatstat", version = "1.64-1") 1. 2. ...
写在开头 上次推文V5版Seurat对象内部结构,对V4版本的seurat对象进行了一下回顾,然后在没有进行分析的时候,对比了一下V4和V5版本的seurat对象内部结构的不同。 那我们在上次推文的基础上,按照官网给的基本分析流程走一遍,然后看看具体的区别有什么。 #加载包 library(Seurat) packageVersion("Seurat") library(BPCell...
在各自的R环境中,加载Seurat包并查看版本,以验证安装是否成功: 在Seurat2环境中 library(Seurat) packageVersion("Seurat") 在Seurat3环境中 library(Seurat) packageVersion("Seurat") 6、注意事项 在使用完一个环境后,建议通过renv deactivate命令关闭当前环境,以避免不必要的资源占用。
安装R包,“package not available for R version x.z.y... 一般来说出现这个问题的根本原因是你机器上的R版本在你设定的CRAN镜像中找不到相应的包,尤其多见于国内镜像。 解决... Angeladaddy阅读 3,557评论 1赞 1 R安装xml遇到的问题 - installation of package 'xml2' ha... 系统版本 R版本 xml安装版...
packageVersion("Seurat") 如果用V5版本,可能会造成的问题: Error in rownames(x = Seurat@assays[["RNA"]]@counts) : "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中 解决:可以把V5版本的Seurat安装回V4。去https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html下载...
> packageVersion(Seurat) [1] ‘3.0.2\' 我在另一个library 里安装了 Seurat 2 /data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library 在两者间自由切换 1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来 > .libPaths(/data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library) ...
library(nloptr) 1 install.packages("ggpubr") 最终还是不得不装R4.*了,因为Seurat最新的功能必须要用v4,而v4只能在R4以后的版本安装。 这里还是用conda来安装,为了方便管理。 这里居然有一键安装教程,厉害了。 1 conda create -n seurat4 -c conda-forge -c bioconda r-seurat=4* ...
packageurl<-"https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"install.packages(packageurl,repos=NULL,type="source")# 最后检查一下包的版本library('Seurat')packageVersion('Seurat') 有个问题,怎么自己去寻找要安装包的路径呢?