#检查当前Seurat版本: packageVersion('Seurat') 01 单样品读入 这里我们以GSE251912为例,单个样本标准文件读入V4和V5差别不大,大家下载需要的样品文件到本地,记得修改好文件夹名和文件名(barcodes.tsv.gz,features.tsv.gz,matrix.mtx.gz)。 #指定数据所在目录: data_dir<-"GSE251912/Cytokines/" #列出目录下文...
不过该网站是英文的,为了方便大家迅速上手,我来走一遍标准流程。我用的是Windows 10, R4.0。 我走的流程原网站地址:https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html 首先我们需要在自己的RStudio中安装Seurat包 install.packages('Seurat') library('Seurat') packageVersion("Seurat") ?Seurat 原参考页...
#先关掉R,再打开remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))install.packages('Seurat',repos=c('https://satijalab.r-universe.dev')) 注意,这个安装的是4.4.0版本。 library(Seurat)packageVersion("Seurat") 加载成功就说明安装好了。
install.packages('Matrix') packageVersion('Matrix') [1] '1.7.0 安装'SeuratObject' install.packages('SeuratObject') 报错 compilation failed for package 'SeuratObject' 另一种安装方式 BiocManager::install("SeuratObject") 哦豁,Bioconductor也需要更新 Bioconductor - InstallGet the latest version of Bioco...
library(Seurat) packageVersion("Seurat") [1]‘3.0.1’ # https://satijalab.org/seurat/mca.html library(dplyr) library(ggsci)#我想改变一下配色 学习一个R包当然是把他的标准流程走一遍了,下载它的官网数据放在我的电脑上。 代码语言:javascript 复制 # Load the PBMC dataset list.files("D:\\Users...
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’: object ‘markvario’ is not exported by 'namespace:spatstat' In addition: Warning message: package ‘Seurat’ was built under R version 3.6.3 解决方法: 1. 2. 3. 4. 5. 6. ...
#确认一下所用的Seurat包版本packageVersion('Seurat')###library(ggplot2)#这里是找了一个之前的复现过的数据,将seuratv4对象转为v5对象。 sce=readRDS("./sce.all_int.rds")sce_v4=sce 具体怎么转换可以看官方文档。 https://satijalab.org/seurat/articles/seurat5_essential_commands 代码...
> packageVersion("Seurat") [1] ‘3.0.2’ 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 我在另一个library 里安装了 Seurat 2 /data/home/heshuai/R/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library 在两者间自由切换 1. 首先将 Seurat 2 所在的library 加载进来
packageurl<-"https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/Seurat/Seurat_2.3.4.tar.gz"install.packages(packageurl,repos=NULL,type="source")# 最后检查一下包的版本library('Seurat')packageVersion('Seurat') 有个问题,怎么自己去寻找要安装包的路径呢?
version = packageVersion(pkg = 'SeuratObject') #查版本号 ‘4.0.4’ ) object[['orig.ident']] <- idents #为新实例化的Seurat对象添加meta.data列。 # Calculate nCount and nFeature:#为新实例化的Seurat对象添加nCounts, nGene列。 n.calc <- CalcN(object = counts) ...