数据集的安装可以使用InstallData; 此函数将接受数据集名称(例如pbmc3k)或相应的包名称(例如pbmc3k.SeuratData)。InstallData会自动附加已安装的数据集软件包,因此可以立即加载和使用数据集。 > InstallData("pbmc3k") 使用data功能完成数据集的加载 > data("pbmc3k") > pbmc3k An object of class Seurat 13714...
InstallData(df$Dataset[i]) }
于是在服务器上先通过链接下载数据集: cd /local/txm/software/SeuratData wget http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmcMultiome.SeuratData_0.1.0.tar.gz --no-check-certificate 然后再在Rstudio中手动安装 install.packages('/local/txm/software/SeuratData/pbmcMultiome.SeuratData_0.1.0.tar.gz', ...
首先通过https://seurat./src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz下载ifnb数据集到本地,然后上传到服务器。 然后用install.packages()安装: install.packages("所在文件夹名称/ifnb.SeuratData_3.0.0.tar.gz",repos=NULL,type="source") library(ifnb.SeuratData) LoadData("ifnb") 成功!!!
InstallData("stxBrain") Using cached data manifest, last updated at 2022-09-19 19:49:50 错误: No access to remote SeuratData repository, unable to install new datasets 解决办法 我们利用软件包的形式安装数据集,如下: install.packages("stxBrain.SeuratData", repos="http://seurat.nygenome.org/...
InstallData("pbmcsca") data("pbmcsca") 若要在自己的文章中用到了其中的数据集需要引用的话,可以直接通过以下命令获得: 今天介绍的这个工具包在单细胞数据分析中还是非常有用的,有需要的小伙伴可以自行安装哦。
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 ...
lapply(gsub('.SeuratData','',dts), InstallData) 目前总共是21个数据集,从标题很容易看到不同数据集来源和意义: 21个数据集 前面的 批量下载和安装每个数据集 ,本质上就是调用 InstallData 函数而已,它就是下载一个压缩包,然后安装即可; # http://seurat./src/contrib/bmcite.SeuratData_0.3.0.tar.gz ...
InstallData("stxBrain") Using cached data manifest, last updated at 2022-09-19 19:49:50 错误: No access to remote SeuratData repository, unable to install new datasets 解决办法 我们利用软件包的形式安装数据集,如下: install.packages("stxBrain.SeuratData", repos="http://seurat.nygenome.org/...
Hi, When I try to installData("bmcite"), it shows the following error: Using cached data manifest, last updated at 2021-02-18 no access to remote seuratdata repository, unable to install new datasets. Could you please help me? Thanks. Lili