我们利用软件包的形式安装数据集,如下: install.packages("stxBrain.SeuratData", repos="http://seurat.nygenome.org/", type = "source") 记得更新 cached data manifest,否则不会显示数据集可用: UpdateData(ask = FALSE) 加载数据集 library(stxBrain.SeuratData) stxBrain<-LoadData("stxBrain") stxBrain...
SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集的简便方法。 安装 SeuratData的安装可以通过devtools完成 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started 加载SeuratData时,将显示所有可用数据集的列表(这与...
library(Seurat) Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 载入了名字空间‘spatstat.utils’ 2.3-1,但需要的是>= 3.0.0 尝试安装|包源:|spatstat.utils_3.0-1.tar.gz| install.packages("E:/下载/spatstat...
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 remotes::install_github("satijalab/seurat-data")...
指定版本安装: remotes::install_version("SeuratObject",version="4.1.4") 版本解决后,我们可以看到Rstudio中的包版本为: 并且当我们完成样本整合后,得到整合后的counts与data。 @counts:未作任何处理的原始 RNA表达矩阵 。 @data:原表达矩阵通过 NormalizeData ()归一化 消除测序文库差异,即测序深度的影响 ...
首先通过https://seurat./src/contrib/ifnb.SeuratData_3.1.0.tar.gz下载ifnb数据集到本地,然后上传到服务器。 然后用install.packages()安装: install.packages("所在文件夹名称/ifnb.SeuratData_3.0.0.tar.gz",repos=NULL,type="source") library(ifnb.SeuratData) ...
R中install.packages("SeuratData")显示无法使用 Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 ...
我们利用软件包的形式安装数据集,如下: install.packages("stxBrain.SeuratData", repos="http://seurat.nygenome.org/", type = "source") 记得更新 cached data manifest,否则不会显示数据集可用: UpdateData(ask = FALSE) 加载数据集 library(stxBrain.SeuratData) stxBrain<-LoadData("stxBrain") stxBrai...
cd /local/txm/software/SeuratData wget http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmcMultiome.SeuratData_0.1.0.tar.gz --no-check-certificate 然后再在Rstudio中手动安装 install.packages('/local/txm/software/SeuratData/pbmcMultiome.SeuratData_0.1.0.tar.gz', repos = NULL, type = "source") ...
安装记录 SeuratData::InstallData("pbmc3k")Installingpackageinto ‘C:/Users/Cuixia/Documents/R/win-library/4.0’(as‘lib’isunspecified)试开URL’http://seurat.nygenome.org/src/contrib/pbmc3k.SeuratData_3.1.4.tar.gz' Content type'application/octet-stream'length93780025bytes(89.4MB)downloaded89.4MB...