SeuratData是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种简单的方法来访问在Seurat视图中使用的数据集。 SeuratData包存放在Github上面,所以下载的时候需要使用devtools去下载安装 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Github的包有时候会下载失败,如果下载失败...
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devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started When loading SeuratData, a list of all available datasets will be displayed (this is similar to other metapackages liketidyversealong with the version ofSeuratused to create each dataset). This message can be suppressed withsuppress...
devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 安装之后,我们通过以下命令查看该R包内含的数据集: 我们可以看到该R包内含6个数据集,全部都是人源数据,每个数据集的“Summary”也会简单介绍该数据集的基本情况,另外还有细胞数量、测序平台等信息。 当你需要用到某个数据集的时候,比如你想利用 pbmcsca 这个数...
devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData)#加载seurat数据集 getOption('timeout') options(timeout=10000) InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") sce <- pbmc3k.final 但是因为它这个包仍然是在GitHub,所以很多人下载失败, 另外它数据也是在外网,很多人网络有问题无法下载。所以...
SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集的简便方法。 安装 SeuratData的安装可以通过devtools完成 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started ...
devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 重新设置下载安装时间 这一步很重要,很多人报错就是因为这个默认的R包安装时间,这个时间只有60s,60s没有下载就会报错。而我们的data数据较大,所以需要时间下载,我们将这个时间设置为1000s. getOption("timeout") ...
安装了Rtools,配置了环境变量,然后再安装spatstat.utils_3.0-1.tar.gz。一定是.gz,.zip不行。spatstat.utils_3.0-1成功安装。 然后再devtools::install_github('satijalab/seurat-data')就行了 之前一直可以library(Seurat)的,突然不行了,花一上午时间搞这个 ...
library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData)#https://github.com/satijalab/seurat-data L
2# devtools::install_github('sjessa/ggmin') 3baseplot+ ggmin::theme_powerpoint() 1# Seurat also provides several built-in themes, such as DarkTheme; for more details see 2# ?SeuratTheme 3baseplot+ DarkTheme() 1# Chain themes together ...