SeuratData是一种使用R的内部包和数据管理系统以Seurat对象的形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种简单的方法来访问在Seurat视图中使用的数据集。 SeuratData包存放在Github上面,所以下载的时候需要使用devtools去下载安装 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Github的包有时候会下载失败,如果下载失败...
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devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started When loading SeuratData, a list of all available datasets will be displayed (this is similar to other metapackages liketidyversealong with the version ofSeuratused to create each dataset). This message can be suppressed withsuppress...
library(SeuratData) #加载seurat数据集 getOption('timeout') options(timeout=10000) InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") sce <- pbmc3k.final 但是因为它这个包仍然是在GitHub,所以很多人下载失败, 另外它数据也是在外网,很多人网络有问题无法下载。所以后来我们推荐了一个TENxPBMCData包,也蛮有意思的,安...
library("devtools") devtools::install_github('satijalab/seurat-data') library(SeuratData)#https://github.com/satijalab/seurat-data L
SeuratData是一种使用R的内部软件包和数据管理系统以Seurat对象形式分发数据集的机制。它为用户提供了一种访问Seurat小插曲中使用的数据集的简便方法。 安装 SeuratData的安装可以通过devtools完成 devtools::install_github('satijalab/seurat-data') Getting Started 加载SeuratData时,将显示所有可用数据集的列表(这与...
安装了Rtools,配置了环境变量,然后再安装spatstat.utils_3.0-1.tar.gz。一定是.gz,.zip不行。spatstat.utils_3.0-1成功安装。 然后再devtools::install_github('satijalab/seurat-data')就行了 之前一直可以library(Seurat)的,突然不行了,花一上午时间搞这个 ...
在确认devtools包已安装后,可以执行以下命令从GitHub安装seurat-data包: R devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 这个命令会从GitHub上的satijalab/seurat-data仓库下载并安装该包。 3. 检查安装是否成功 安装完成后,可以通过加载SeuratData包来检查安装是否成功: ...
Warning in install.packages : package ‘SeuratData’ is not available for this version of R 使用remotes包 ,详细使用办法见链接 https://remotes.r-lib.org/ 安装 install.packages("remotes") 命令 remotes::install_github("satijalab/seurat-data")...
devtools::install_github('satijalab/seurat-data') 安装之后,我们通过以下命令查看该R包内含的数据集: 我们可以看到该R包内含6个数据集,全部都是人源数据,每个数据集的“Summary”也会简单介绍该数据集的基本情况,另外还有细胞数量、测序平台等信息。 当你需要用到某个数据集的时候,比如你想利用 pbmcsca 这个数...