matrix06_data <- read.csv("G:/scRNA/zebrafish/06hpf.csv", row.names=1) ##运行Seurat library("Seurat") ##建立seurat的文件夹 Seurat08_object <- CreateSeuratObject(counts = matrix08_data, min.cells= 3, min.features = 200) min.cells = 3, #对基因过滤 min.features = 200 #对细胞过滤...
经过以上分析,我们看到 Seurat 对象确实是一个S4类的实例,但是类的定义却不在Seurat包内,而在SeuratObject 包中(>>该数据结构的pdf定义文档)。毫无疑问,2个R包的作者都是一个实验室的,甚至主要贡献者是同一个人,但是为什么repo不放到同一个github账号下?不得而知,可能是某种制衡? library(Seurat) pbmc_raw <...
1.报错 在安装Seurat会出现如下核心报错: configure: error: geos-config not found or not executable. 2.原因 尝试手动下载解压安装rgeos、从Github上安装Seurat、修改镜像,都不解决问题,因为着根本不是下载的错误。 因为Seurat依赖SeuratObject,SeuratObject又依赖rgeos,集群没有配置没有rgeos的环境,所以报错。 3.解...
library(Seurat) seurat_object <- CreateSeuratObject(counts = your_count_matrix, project = "your_project_name") ``` counts参数是一个包含每个细胞的基因表达矩阵的对象。该矩阵应该是一个n x m的数据框,其中n表示细胞数,m表示基因数。每行表示一个单个细胞的基因表达向量。counts参数也可以是一个路径指向...
seurat_obj <- LoadH5Seurat("10XIllumina.combined.TPM.h5seurat") 报错 Error: Missing required datasets ‘levels‘ and ‘values‘ # 那就先不load meta datascRNA<-LoadH5Seurat("10XIllumina.combined.TPM.h5seurat",meta.data=FALSE,misc=FALSE)head(scRNA)library("rhdf5")meta_data<-h5read("10XIllum...
在处理Seurat对象时遇到错误“error in object[[reduction]]: ! 'umap' not found in this seurat object”通常意味着你尝试访问的UMAP降维结果不存在于当前的Seurat对象中。为了解决这个问题,你可以按照以下步骤进行: 确认'umap'是否已正确计算并存储在Seurat对象中: 首先,你可以检查Seurat对象是否包含UMAP降维结果...
SeuratObject Defines S4 classes for single-cell genomic data and associated information, such as dimensionality reduction embeddings, nearest-neighbor graphs, and spatially-resolved coordinates. Provides data access methods and R-native hooks to ensure the Seurat object is familiar to other R users. Se...
如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中,出现了一些关于Matrix package的问题,可以看看本文。 我使用的是macOS, x86_64 1) SueratObject v5.0.0是基于Matrix 1.6-1 package的,所以我在CRAN官网:https://cran.r-project.org/web/packages/Matrix/index.html 下载了安装包, 官网有两个...
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#给Seurat对象添加样本名称的元数据列 scobj <- AddMetaData(scobj, metadata = data.frame(sample = sample_names)) # 查看样本分组 table(scobj@meta.data[["sample"]]) # 样本类型 sampletype <- c( "sample" = "control" #此处略去 )