当你在R中遇到“载入需要的程辑包 error: package or namespace load failed for 'seuratobject'”这样的错误时,这通常表明SeuratObject包(但请注意,通常这个包的名称可能是Seurat或SingleCellExperiment,因为SeuratObject不是一个广泛认知的标准R包名)无法被正确加载。以下是一些解决这个问题的步骤: 1. 检查包名是否...
#数据质控和过滤 library(tidyverse) ###R语言高级部分,用于数据处理 library(patchwork) ###画图相关的软件包 library(Seurat) install.packages("tidyverse") install.packages("patchwork") #添加线粒体信息 原因:线粒体含量特别高的话,可能细胞破裂或油包水的过程含多个细胞,会影响转录本的准确性 seob[["perc...
R/./seurat.R- f = 'rowSums', -- R/./seurat.R:setMethod( R/./seurat.R- f = "show", -- R/./seurat.R:setMethod( R/./seurat.R- f = 'show', -- ... 在R/seurat.R 的第2601行开始,是 S4 methods。 找两个仔细看看。 (2) colMeans() 方法 该泛型函数(接口)定义,在 base 包...
这是anacoda官方的rgeos下载方式:https://anaconda.org/conda-forge/r-rgeos b, 直接去官网下载对应版本的源码,解压编译,配置到环境。 #以最新的版本举例: wget http://download.osgeo.org/geos/geos-3.9.3.tar.bz2 #下载 tar -xvf geos-3.9.3.tar.gz #解压 cd ./geos-3.9.3 #到包路径下 ./configure...
1) SueratObject v5.0.0是基于Matrix 1.6-1 package的,所以我在CRAN官网:https://cran.r-project.org/web/packages/Matrix/index.html下载了安装包, 官网有两个1.6-1 版本。我估计是针对macOS and windows的。 我首先下载了: Matrix 1.6-1.1.tar.gz. ...
Seurat是一个R包,它提供了一组用于单细胞转录组数据分析的函数和工具。在创建Seurat对象时,我们可以使用以下函数: ``` library(Seurat) seurat_object <- CreateSeuratObject(counts = your_count_matrix, project = "your_project_name") ``` counts参数是一个包含每个细胞的基因表达矩阵的对象。该矩阵应该是一...
Excuse me, may I ask why this error occurs in the code in "D:\Rroom\00_data_ingest\02_tissue_analysis_rmd\Heart_facs.Rmd"Contributor aopisco commented Dec 3, 2022 via email Hi, could that be because of Seurat versions? Tabula Muris objects are compatible with Seurat v2 but I do ...
OrthoMCL能做什么 Orthologs are homologs separated by speciation events. Paralogs are homologs separated...
但是随着百创S系列产品的升级,空间转录组数据的种类也在增多,百创S系列的空间转录组数据类型包括S1000,S2000,S3000以及细胞分割(cell_split)的数据,所以为了适应更多的数据类型,对CreateBmkObject.R脚本进行了升级。新的脚本名称为CreateBmkObject_v2.R,具体用法如下: source("CreateBmkObject_v2.R") object <- ...