seurat_object<- LoadH5Seurat('TS_Bladder.h5ad/TS_Bladder.h5seurat', misc= F)#这样OK #得到标准seurat对象,一般含作者聚类、注释等丰富信息 seurat_object table(seurat_object@meta.data$method)#测序方法 table(seurat_object@meta.data$free_annotation)#celltype注释 table(seurat_object@meta.data$compartm...
使用官方的pbmc3K范例数据,旧版Seurat创建的初始对象大小为58.5M,初始对象的结构如下图。 执行命令options(Seurat.object.assay.version = "v5")后,使用相同数据创建的初始对象的大小为29.1M,而且assays的结构有了明显的不同,如下图。 Seurat v5 目前还不能通过CRAN直接安装,只能通过GitHub进行安装,下面就为大家演示...
pbmc <- RunPCA(pbmc, features = VariableFeatures(object = pbmc)) 可视化细胞与特征间的PCA有三种方式: VizDimLoadings print(pbmc[["pca"]], dims = 1:5, nfeatures = 5) # 绘图 VizDimLoadings(pbmc, dims = 1:2, reduction = "pca") DimPlot DimPlot(pbmc, reduction = "pca") DimHeatmap ...
初始化的Seurat对象内部结构中有很多列表为空,如images、tools Assay Object 一个Seurat对象可以包括多个assay对象,但是在某个时刻,只有一个assay对象是默认激活的。 可以通过函数 active.assay 查询当前默认激活的是哪个assay对象。也可以用 DefaultAssay 来设置默认的 assay。目前默认都是“RNA” ## Assays对象pbmc3k....
dim(seurat_object) 1. 提取下游绘图所需目标信息 #tSNE ##提取x/y轴坐标信息: tSNE<- as.data.frame(seurat_object@reductions$tsne@cell.embeddings) head(tSNE) ##提取亚群注释信息: celltype<- Idents(seurat_object) table(celltype) tSNE<- cbind(tSNE,celltype)#数据框合并 ...
这里重点看下SeuratObject 单细胞数据中的另一常用对象是seurat对象,主要用在seurat包、monocle包等单细胞分析的R包中。其结构与SingleCellExperiment对象非常相似,在R中,这两个对象也能够通过as函数进行转换。seurat对象结构包含以下这些slots。 有人把seurat对象比作是流水线上的具有不同盒子的容器,经过不同的工序,会...
# 导入Seurat包library(Seurat)# 查看当前工作目录getwd()# 设置工作目录(将工作目录切换到指定路径下)setwd("D:/project/scRNA")# 读取10x数据,data.dir参数指定存放文件的路径seurat_data<-Read10X(data.dir = "./data/GSE234527/352")# 创建Seurat对象seurat_obj<-CreateSeuratObject(counts = seurat_data,...
seurat_data<-newimport(SeuratObject)###重新定义了import函数,称为newimport newimport<-function(otherCDS,import_all=FALSE){if(class(otherCDS)[1]=='Seurat'){requireNamespace("Seurat")data<-otherCDS@assays$RNA@countsif(class(data)=="data.frame"){data<-as(as.matrix(data),"sparseMatrix")}pd...
#创建Seurat对象>ZSR.N <- CreateSeuratObject(ZSR.N, min.cells = 3) Seurat对象的主要属性解读: (1)assays属性 该属性主要存储了所有细胞的UMI原始数据和标准化数据。在初次构建对象时,也存在相应的属性,只是属性值要么是空,要么和原始数据保持一致。默认情况下,我们是对Seurat中的RNA的Assay进行操作。可以通过...
对于seurat:Read10X 和 CreateSeuratObject 组合即可读取。 对于sce:DropletUtils 包的read10xCounts() 函数。 2-对于表达矩阵 比如,有的提供的单纯是tsv 或csv 的原始counts 矩阵。其实如果你仔细探索,10x 格式,不过是将counts 矩阵基础之上,拆成了三个文件。