执行命令options(Seurat.object.assay.version = "v5")后,使用相同数据创建的初始对象的大小为29.1M,而且assays的结构有了明显的不同,如下图。 Seurat v5 目前还不能通过CRAN直接安装,只能通过GitHub进行安装,下面就为大家演示Seurat v5的安装和常规scRNA-seq数据的分析。 01 R包的安装与解决报错 #由于目前只是beta...
主要看这里 for (pkg in c(Biocductor_packages,cran_packages)){ require(pkg,character.only=T) } #没有任何提示就是成功了,如果有warning xx包不存在,用library检查一下。 #如果library报错,就单独安装。 报错信息:Error: package or namespace load failed for 'SeuratObject' in loadNamespace(j <- ...
虽然说我们安装了Seurat的V5版本,但是初次使用的时候加载就报错了,如下所示: The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf package in place ofrgdal) Error: package or namespace load failed for ‘SeuratObject’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .l...
4. 创建Seurat对象 利用CreateSeuratObject函数 pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) ## Warning:Feature names cannot have underscores('_'),replacingwithdashes ##('-') min.cell=3:保留大于等于3个细胞中表达的基因(保留基因的参...
packageVersion("Seurat") 如果用V5版本,可能会造成的问题: Error in rownames(x = Seurat@assays[["RNA"]]@counts) : "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中 解决:可以把V5版本的Seurat安装回V4。去https://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html下载...
SeuratObject_5.0.0.tgz in CRAN 在CRAN网站上将相应的packages下载好,然后选择目录安装的办法,就可以安装成功。 (注意自己的电脑系统,Windows问题不大,Mac需要注意是arm64 还是x86_64. 选择对应的package安装) 代码语言:txt 复制 2. Matrix安装的问题:
虽然说我们安装了Seurat的V5版本,但是初次使用的时候加载就报错了,如下所示: The sp package is now running under evolution status 2 (status 2 uses the sf packageinplace of rgdal) Error: package or namespace load failedfor'SeuratObject’inloadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths(...
同时还升级了 SeuratObject 也是V5了,这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程,使用默认的安装代码,就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat,非常可怕!!! Seurat的默认的安装代码是从CRAN安装: # 1 directly download from CRAN # mirror for cran: ...
同时还升级了 SeuratObject 也是V5了,这样的话如果新人开始学单细胞转录组技术分析流程,使用默认的安装代码,就默认安装了V5版本的SeuratObject 和Seurat,非常可怕!!! Seurat的默认的安装代码是从CRAN安装: # 1 directly download from CRAN # mirror for cran: ...
Installation SeuratObject is available on CRAN install.packages("SeuratObject")About mojaveazure.github.io/seurat-object Resources Readme License Unknown, MIT licenses found Activity Stars 0 stars Watchers 1 watching Forks 0 forks Report repository Releases 4 tags Packages No packages publ...