最近在分析单细胞数据,因此和Seurat包打交道了不少。由于seurat的对象设计太复杂了,遂花了一些时间去学习其数据结构以及属性访问方法,整理为笔记特放置于此,谨供需要的朋友们参考。 一、背景知识:R语言的S3,R4,RC,R6对象 R语言脱胎于S语言,因此在设计上继承了许多S语言的特性。近年来,随着编程技术的发展,R语言又吸收了许多新的
matrix06_data <- read.csv("G:/scRNA/zebrafish/06hpf.csv", row.names=1) ##运行Seurat library("Seurat") ##建立seurat的文件夹 Seurat08_object <- CreateSeuratObject(counts = matrix08_data, min.cells= 3, min.features = 200) min.cells = 3, #对基因过滤 min.features = 200 #对细胞过滤...
首先确认seuratobject包是否确实存在于CRAN或Bioconductor等R包仓库中。可以通过访问CRAN或Bioconductor的官方网站进行搜索。 确认安装命令是否正确: 如果您是从CRAN安装,通常使用install.packages("seuratobject")。 如果seuratobject是一个Bioconductor包,则需要先安装并加载BiocManager,然后使用BiocManager::install("seuratobje...
创建Seurat对象是单细胞转录组数据分析的一个关键步骤。在使用Seurat包进行单细胞转录组分析时,我们需要先将原始数据导入到R环境中,然后将其转换为Seurat对象以进行下一步的数据处理。本文将介绍如何使用Seurat包中的函数来创建Seurat对象,并详细解释函数参数的含义。 数据导入 在创建Seurat对象之前,我们需要先将原始数据...
satijalab / seurat-object Public Notifications Fork 26 Star 24 Code Issues 42 Pull requests 8 Actions Wiki Security Insights Footer © 2024 GitHub, Inc. Footer navigation Terms Privacy Security Status Docs Contact Manage cookies Do not share my personal information ...
1) SueratObject v5.0.0是基于Matrix 1.6-1 package的,所以我在CRAN官网:https://cran.r-project.org/web/packages/Matrix/index.html 下载了安装包, 官网有两个1.6-1 版本。我估计是针对macOS and windows的。 我首先下载了: Matrix 1.6-1.1.tar.gz. While it can be successfully installed in Rstudio...
A convenient function to get the orthologs is avaiable in nichenetr package to get a vector of ortholog gene names(will include NAs for those genes without orthologs). So indeed a subsetting and renaming is required before integrating. However, I couldn't see a function to rename all ...
Methods forSeuratobjects for generics defined in other packages Usage ## S3 method for class 'Seurat' .DollarNames(x, pattern = "") ## S3 method for class 'Seurat' x$i, ... ## S3 replacement method for class 'Seurat' x$i, ... <- value ## S3 method for class 'Seurat' x[i,...
(4) 在S4对象创建时在其slot中记录该R包版本号,有助于后续版本升级后的兼容、升级。 (5) 自定义函数,计算 counts 这个Assay对象的 nCount 和 nGene (6) is.atomic() 检测一个变量是否是原子的 锁定版本: seurat-4.1.0, seurat-object-4.0.4 截止 2022.1.31 ...
r-cran-seuratobject dans noble pour l'architecture amd64 /usr/lib/R/site-library/SeuratObject/DESCRIPTION /usr/lib/R/site-library/SeuratObject/INDEX /usr/lib/R/site-library/SeuratObject/Meta/Rd.rds /usr/lib/R/site-library/SeuratObject/Meta/data.rds /usr/lib/R/site-library/SeuratObject/...