matrix06_data <- read.csv("G:/scRNA/zebrafish/06hpf.csv", row.names=1) ##运行Seurat library("Seurat") ##建立seurat的文件夹 Seurat08_object <- CreateSeuratObject(counts = matrix08_data, min.cells= 3, min.features = 200) min.cells = 3, #对基因过滤 min.features = 200 #对细胞过滤...
当你在R中遇到“载入需要的程辑包 error: package or namespace load failed for 'seuratobject'”这样的错误时,这通常表明SeuratObject包(但请注意,通常这个包的名称可能是Seurat或SingleCellExperiment,因为SeuratObject不是一个广泛认知的标准R包名)无法被正确加载。以下是一些解决这个问题的步骤: 1. 检查包名是否...
2.对于没有sudo权限小苦逼,有两个选择: a, 建议使用conda配置R,然后在conda环境下安装就好。(圈起来,最推荐) conda install -c conda-forge r-rgeos # ps, 直接 conda install r-rgoes 是会失败的 这是anacoda官方的rgeos下载方式:https://anaconda.org/conda-forge/r-rgeos b, 直接去官网下载对应版本的...
Documentation R SeuratObject AssayData AssayData Get and Set Assay DataDescription General accessor and setter functions for Assay objects. GetAssayData can be used to pull information from any of the expression matrices (eg. “counts”, “data”, or “scale.data”). SetAssayData can be ...
作者在github声称:要让R用户熟悉Seurat对象。 我认为达到这个目的的核心,就是提供一系列R用户熟悉的同名方法。对现有函数扩展其对Seurat对象的支持,并尽量符合原函数的参数定义习惯、默认值。特别是默认值,最能体现出一个包是否好用,是否对新手友好。 https://github.com/mojaveazure/seurat-object ...
创建Seurat对象是单细胞转录组数据分析的一个关键步骤。在使用Seurat包进行单细胞转录组分析时,我们需要先将原始数据导入到R环境中,然后将其转换为Seurat对象以进行下一步的数据处理。本文将介绍如何使用Seurat包中的函数来创建Seurat对象,并详细解释函数参数的含义。 数据导入 在创建Seurat对象之前,我们需要先将原始数据...
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通过搜索,我发现R包有时候是需要编译器的 (这里我不知道描述的是否准确,本身不涉及这个方向,如有错误,请指正),如Xcodeand Fortran。 而Matrix package就需要Fortran compiler,我电脑没有安装,所以我需要安装fortran编译器。 5). 安装fortran 编译器:(link:https://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/) ...
R SeuratObject oldseurat-classoldseurat-class The Seurat ClassDescription The Seurat object is the center of each single cell analysis. It stores all information associated with the dataset, including data, annotations, analyses, etc. All that is needed to construct a Seurat object is an expre...
object An object mode How to return the image; should accept one of “grob”, “raster”, “plotly”, or “raw” ... Arguments passed to other methods image Name ofSpatialImageobject to pull image data for; ifNULL, will attempt to select an image automatically ...