matrix06_data <- read.csv("G:/scRNA/zebrafish/06hpf.csv", row.names=1) ##运行Seurat library("Seurat") ##建立seurat的文件夹 Seurat08_object <- CreateSeuratObject(counts = matrix08_data, min.cells= 3, min.features = 200) min.cells = 3, #对基因过滤 min.features = 200 #对细胞过滤...
2.对于没有sudo权限小苦逼,有两个选择: a, 建议使用conda配置R,然后在conda环境下安装就好。(圈起来,最推荐) conda install -c conda-forge r-rgeos # ps, 直接 conda install r-rgoes 是会失败的 这是anacoda官方的rgeos下载方式:https://anaconda.org/conda-forge/r-rgeos b, 直接去官网下载对应版本的...
Documentation R SeuratObject AssayData AssayData Get and Set Assay DataDescription General accessor and setter functions for Assay objects. GetAssayData can be used to pull information from any of the expression matrices (eg. “counts”, “data”, or “scale.data”). SetAssayData can be ...
在R中,包名通常是精确且唯一的。首先,我们需要确认是否存在拼写错误。经过检查,常见的与单细胞RNA测序数据处理相关的包是Seurat,而不是seuratobject。因此,很可能是您在尝试加载一个不存在的包或者记错了包名。 检查R环境和库的安装路径,确认‘seuratobject’包是否已正确安装: 既然seuratobject很可能是一个拼写错误...
作者在github声称:要让R用户熟悉Seurat对象。 我认为达到这个目的的核心,就是提供一系列R用户熟悉的同名方法。对现有函数扩展其对Seurat对象的支持,并尽量符合原函数的参数定义习惯、默认值。特别是默认值,最能体现出一个包是否好用,是否对新手友好。 https://github.com/mojaveazure/seurat-object ...
R SeuratObject Seurat-methodsSeurat-methods Seurat Methods Description Methods for Seurat objects for generics defined in other packages Usage ## S3 method for class 'Seurat' .DollarNames(x, pattern = "") ## S3 method for class 'Seurat' x$i, ... ## S3 replacement method for class ...
satijalab / seurat-object Public Notifications Fork 26 Star 24 Code Issues 42 Pull requests 8 Actions Wiki Security Insights Footer © 2024 GitHub, Inc. Footer navigation Terms Privacy Security Status Docs Contact Manage cookies Do not share my personal information ...
创建Seurat对象是单细胞转录组数据分析的一个关键步骤。在使用Seurat包进行单细胞转录组分析时,我们需要先将原始数据导入到R环境中,然后将其转换为Seurat对象以进行下一步的数据处理。本文将介绍如何使用Seurat包中的函数来创建Seurat对象,并详细解释函数参数的含义。 数据导入 在创建Seurat对象之前,我们需要先将原始数据...
1) SueratObject v5.0.0是基于Matrix 1.6-1 package的,所以我在CRAN官网:https://cran.r-project.org/web/packages/Matrix/index.html 下载了安装包, 官网有两个1.6-1 版本。我估计是针对macOS and windows的。 我首先下载了: Matrix 1.6-1.1.tar.gz. While it can be successfully installed in Rstudio...
seurat-object-4.0.4/R/seurat.R:987:CreateSeuratObject.default <- function( #创建对象.默认 而这个函数的返回值又调用了 CreateSeuratObject.Assay() seurat-object-4.0.4/R/seurat.R:1034:CreateSeuratObject.Assay <- function( #创建对象.Assay