bash seqkit subseq sequences.fasta -r ":seq1" 这条命令将在控制台上打印出seq1的序列。 综上所述,seqkit是一个功能强大的工具,可以方便地提取和处理生物信息学中的序列数据。通过遵循上述步骤,你可以轻松地使用seqkit来提取所需的序列。
基本用法 seqkit seq test.fa#查看 fa文件 seqkit translate test.fa > protein.fa #转化为蛋白序列 seqkit translate test.fa --trim >protein.fa #去除* seqkit grep -f test_id.txt test.fa -o new_test.fa #根据id提取序列 seqkit seq hairpin.fa.gz -n -i #展示序列ID...
宏基因组二代测序结果binning之后的序列可能存在重复,首先使用prokka将binning后的序列转化为蛋白序列, 再使用CD-hit 命令默认参数将序列进行去重复 然后使用seqkit seq -i 获取序列的id 再使用seqkit grep -f 获取原先每个bin中的fasta序列 注:转成氨基酸序列后,保证了序列相似度识别的准确性,再进行去冗余后可以尽...
1. seqkit 软件根据序列id，从fa文件中提取序列 conda install -c bioconda seqkit seqkit grep -f ge...
序列操作神器:Seqkit 导读 本文将介绍SeqKit:用于FASTA/Q文件操作的跨平台和超快工具包,后续提供了一些长用的示例。 1. 安装 conda安装 conda install -c bioconda seqkit Mac安装 brew install seqkit# 用于苹果电脑 2. 用法 2.1. 序列操作 seqkit seq [flags] file...
1.序列碱基含量 seqkit fx2tab -l -g -n -i -H test..fa (这些参数组合起来比较好看) 2.序列长度的整体分布统计 seqkit stat test.fa seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含deion部分,而不是序列id。 -s, --by-seq ...
seqkit seq [flags] file 参数 # 将序列转换为一行输出 seqkit seq ex.fasta -w 0 > test.fasta # 每行输出指定碱基n seqkit seq -w n ex.fasta # DNA序列转换为RNA序列 seqkit seq --dna2rna ex.fasta # 取反向互补,切每行100碱基 seqkit seq -w 100 -p -r ex.fasta> test.fasta ...
rmdup 通过id/名称/序列删除重复的序列 sample 按数量或比例对序列进行抽样 sana 清理损坏的单行fastq文件 scat real time recursive concatenation and streaming of fastx files seq 转换序列(反向,补充,提取ID…) shuffle 随机序列 sliding 序列滑窗提取,支持环形基因组 ...
2、序列长度分布统计 xUsage: seqkit stat [flags] 举例: seqkit stat test.fa 输出结果: 四、根据ID或特定的motif筛选提取序列 seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含deion部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 ...
四、根据ID或特定的motif筛选提取序列 seqkit grep [flags] 参数: -n, --by-name 匹配整个序列的名字,包含description部分,而不是序列id。 -s, --by-seq 匹配序列 -d, --degenerate pattern/motif 包含简并碱基 -i, --ignore-case 忽略大小写