随着AD的进行,WWC3和SPG20在B细胞中表现出明显的下调。此外,在单核细胞中,PPP2R2B的水平显著升高,而SPG20的水平在AD进展过程中表现出明显的降低。 参考文献: Xiong LL, Xue LL, Du RL, Niu RZ, Chen L, Chen J, Hu Q, Tan YX, Shang HF, Liu J, Yu CY, Wang TH. Single-cell RNA sequencing ...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
Wang X , Chen Y , Li Z , et al. Single-Cell RNA-Seq of T Cells in B-ALL Patients Reveals an Exhausted Subset with Remarkable Heterogeneity[J]. Advanced Science, 2021. - THE END - 新格元秉持“格物致知,识微通元”...
label = TRUE, sort.cell = TRUE, min.cutoff = 'q10', repel = TRUE ) 由于标记物列表中同时显示出了原始状态和激活状态的标记物,这对可视化表达很有帮助。根据这些图,似乎0和2号细胞群是可靠的非激活T细胞。然而,对于被激活的T细胞来说,很难说清楚。我们可以说,细胞群4和18是激活的T细胞,但CD69的表达并...
原名:A pathogenic and clonally expanded B cell transcriptome in active multiple sclerosis 译名:活动性多发性硬化症的致病性克隆性B细胞转录组 期刊:Proc Natl Acad Sci U S A IF:9.58 发表时间:2020.8 通讯作者:Michael R Wilson 通讯作者单位:加州大学威尔神经科学研究所 ...
(B)CellRanger鉴定的样本数据汇总。 (C) 样本的UMAP的细胞簇。 (D) 细胞类型。 (E) 细胞簇中典型标记基因的表达模式。 (2)猪窦卵泡颗粒丘细胞分布变化 图2:样本AF75和AF76之间的视觉差异。 (A) UMAP图显示AF75(上)和AF76(下)中与卵泡闭锁和降解相关的基因表达,颜色深度与表达水平呈正相关。
(B)CellRanger鉴定的样本数据汇总。 (C) 样本的UMAP的细胞簇。 (D) 细胞类型。 (E) 细胞簇中典型标记基因的表达模式。 (2)猪窦卵泡颗粒丘细胞分布变化 图2:样本AF75和AF76之间的视觉差异。 (A) UMAP图显示AF75(上)和AF76(下)中与卵泡闭锁和降解相关的基因表达,颜色深度与表达水平呈正相关。
其实近年来肿瘤免疫微环境一直比较火,但是主要聚焦于T Cell,而这篇文章的目光放在了B Cell上。鼻咽癌的单细胞文献我们之前也讲解过(文献阅读(二十三)、鼻咽癌&肿瘤微环境&scRNA-Seq) 这篇文章主要是联合了bulk RNA-Seq与scRNA-Seq来挖掘与鼻咽癌预后相关的biomarker,主体是数据挖掘的内容,也就是说基本无需经费。文章...
单细胞测序 (single cell sequencing, SCS)可以从分子角度来揭示每个细胞独特变化,重新定义细胞标记,发现全新的细胞类型。过去10年来,单细胞组学技术不断升级,灵敏度,通量都在不断上升,这些突破正带来发育,疾病,脑科学,生命演化等研究领域的全面变革,受到科学界广泛关注与认可...
上一期我们介绍了如何对scRNA-seq数据进行预处理与质控,在得到高质量的barcode by cell计数矩阵之后,我们需要通过基因在不同细胞间的差异表达来对细胞聚类。而数据的标准化(normalization)对于准确的比较细胞间的基因表达则是非常重要且必要的一步。今天我们就来一起了解一下如何对scRNA-seq数据标准化。