图1. 利用scRNA-seq技术解码小鼠着床位点的单细胞转录组图谱 2. 基于scStereo-seq对动态功能决定中心的空间识别和可视化 来自E6.5/E7.5/E8.5/E9.5着床位点的7个组织切片被用作scStereo-seq,以获得具有动态组织和多种细胞类型的整个着床位点的全局视图(图2A)。研究成功鉴定并定位出7个DSC亚簇、9种免疫细胞、5个...
火山图可以展示为不同颜色的点,通常红色表示上调基因,蓝色表示下调基因,而灰色表示无显著差异的基因。 2.scRNA-seq火山图 2019年发表在CELL上的文章“A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart”fig 2h给我们展示了单细胞RNA测序数据展示的新思路。 图中展示了10个...
前列腺癌的致病机制涉及肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用，将scRNA-seq和ST-seq技术应用于该疾病的研究中，有望在该领域找到新的突破点。近日，贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer”的综述文章，总结了scRNA-se...
前列腺癌的致病机制涉及肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用,将scRNA-seq和ST-seq技术应用于该疾病的研究中,有望在该领域找到新的突破点。 近日,贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new find...
4,在线绘制scRNA-seq多组火山图 4.1 打开微生信在线作图网站 https://bioinformatics.com.cn/plot_basic_scrna_multi_volcano_plot_244 4.2 示例数据 点击右侧的示例数据,下载打开。 示例数据包括四列,A列是基因,B列是log2FC,C列是pvalue,D列是cluster。
实验分组:scRNA-seq:肿瘤和匹配的正常皮肤(n=10) ST:肿瘤样本(n=4 ST+2 Visium) 单细胞捕获平台:10X Genomics 平台 细胞数量:共48,164个细胞 /4个ST样本---12张切片8179 spots/2个visium样本---4张切片8885 spots 分析思路: 研究者通过对人皮肤鳞状细胞癌(cSCC)和匹配的正常皮肤的单细胞转录组测序、空间...
为了深入了解黑色素瘤生态系统的空间组织,作者使用CellTrek将空间转录组与scRNA-seq数据整合,将单细胞定位在组织切片上,证实了这些完整临床样本中存在各种黑色素瘤细胞状态,包括缺氧和 p53 反应状态等。 为了推断缺氧暴露水平,作者使用AUCell对缺氧基因集打分,然后预测处于缺氧状态的恶性细胞之间的距离,结果发现缺氧状态细胞...
4,在线绘制scRNA-seq多组火山图 4.1 打开微生信在线作图网站 https://bioinformatics.com.cn/plot_basic_scrna_multi_volcano_plot_244 4.2 示例数据 点击右侧的示例数据,下载打开。 示例数据包括四列,A列是基因,B列是log2FC,C列是pvalue,D列是cluster。
4,在线绘制scRNA-seq多组火山图 4.1打开微生信在线作图网站 https://bioinformatics.com.cn/plot_basic_scrna_multi_volcano_plot_244 4.2示例数据 点击右侧的示例数据,下载打开。 示例数据包括四列,A列是基因,B列是log2FC,C列是pvalue,D列是cluster。
RD表现为T淋巴细胞活跃和巨噬细胞减少,PD表现为免疫抑制的细胞状态。scRNA-seq揭示的生物学特征是临床结果的生物标记,强调了治疗是如何诱导转移性癌的多细胞生态系统而形成临床结果。 论文ID 原名:Therapy-Induced Evolution of Human Lung CancerRevealed by Single-Cell RNA Sequencing...