4.3 测试cellranger 软件流程是否安装成功 # 需花费数十分钟 cellranger testrun --id=check # 最后一行输出以下语句表示成功 # Pipestance completed successfully! 在这里插入图片描述编辑于 2024-04-13 10:58・IP 属地广东 内容所属专栏 单细胞分析合辑 单细胞scRNA-seq、单细胞空间转录组分析方法 订阅专栏 ...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基...
前列腺癌的致病机制涉及肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用，将scRNA-seq和ST-seq技术应用于该疾病的研究中，有望在该领域找到新的突破点。近日，贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer”的综述文章，总结了scRNA-se...
二、使用Cell Ranger进行单细胞转录组测序数据(scRNA-Seq)的定量 cellrange count是 cellrange 中一个很重要的命令,用来对单细胞转录组数据进行基因组比对,细胞定量最终得到用于下游分析的单细胞表达矩阵(默认情况也会对表达矩阵进行聚类)。 在做定量之前,我们首先需要准备2组文件:原始fq文件以及物种的References(其中包...
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
A comparison of marker gene selection methods for single‑cell RNA sequencing data. 背景:分析 scRNA-seq 数据的一个常见步骤是选择所谓的标记基因,最常见的目的是对样本中存在的生物细胞类型进行注释。本文是对scRNA-seq 数据中选择标记基因的59种计算方法进行了基准测试。
近日,云南大学生命科学中心单昭课题组在Cell Regeneration上发表了题为“ScRNA-seq and ST-seq in liver research”的综述文章,主要总结了scRNA-seq和ST-seq技术在肝脏领域的应用,特别是ST-seq技术在肝脏研究中的优势、局限性和未来前景...
#这里的cell_type1、2指定互作细胞,如果不指定则默认所有细胞,split.by用于分组数据的 plot_cpdb(cell_type1 = 'T', cell_type2 = 'Mono',scdata = sce, idents = 'cell_type', # column name where the cell ids are located in the metadata ...
跟着小鱼头学单细胞测序-scRNA-seq分析中的常用图 导语 GUIDE ╲ 随着高通量单细胞RNA-seq测序技术的发展,scRNA-seq数据集的大小已经从单个细胞增长到数百万个细胞,如何将这些高维度的数据可视化也是生物信息一个重要的应用领域。这一期给大家介绍一些scRNA-seq文章中常见的图,希望给大家带来一些新的作图思路....